More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3028 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3028  amidase  100 
 
 
467 aa  932    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0772  amidase  71.43 
 
 
472 aa  578  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0317505  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4656  amidase  59.69 
 
 
482 aa  495  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.292034  normal  0.221434 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4203  amidase  53.81 
 
 
462 aa  476  1e-133  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.742932  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  54.05 
 
 
464 aa  472  1e-132  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2141  amidase  61.96 
 
 
461 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0408812  normal  0.103944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0653  amidase  60.09 
 
 
466 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  54.44 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4054  amidase  59.1 
 
 
467 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1654  amidase  61.84 
 
 
458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0838482  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2012  amidase  58.57 
 
 
471 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0494879  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3473  amidase  54.79 
 
 
465 aa  442  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0721  amidase  59.14 
 
 
475 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3317  amidase  54.22 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0928  amidase  54.97 
 
 
466 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0925  amidohydrolase, AtzE family  55.95 
 
 
465 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1693  amidase  57.7 
 
 
471 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.070698 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0782  amidohydrolase, AtzE family  55.95 
 
 
465 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1125  amidase  57.05 
 
 
471 aa  425  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0767616  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0846  amidohydrolase, AtzE family  53.93 
 
 
464 aa  416  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3194  amidase  52.74 
 
 
465 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3332  amidase  52.74 
 
 
465 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3453  amidase  52.74 
 
 
465 aa  413  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0873  amidase  55.73 
 
 
470 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.753798  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3713  amidase  57.24 
 
 
469 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0903  amidase  53.11 
 
 
469 aa  393  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00690645  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0220  amidohydrolase, AtzE family  51.68 
 
 
454 aa  359  6e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6031  amidase  40.53 
 
 
449 aa  234  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.8 
 
 
480 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3335  amidase  40.8 
 
 
452 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18597  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5032  amidase  40.8 
 
 
446 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5252  amidase  40.35 
 
 
446 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.2 
 
 
485 aa  227  3e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  39.2 
 
 
473 aa  226  7e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4441  amidase  42.89 
 
 
446 aa  226  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104105 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4961  amidase  42.66 
 
 
446 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439817  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  33.78 
 
 
470 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  39.64 
 
 
463 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  33.11 
 
 
470 aa  219  7e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  40 
 
 
463 aa  219  7.999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  36.08 
 
 
461 aa  216  8e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.98 
 
 
486 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.04 
 
 
483 aa  213  7e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.92 
 
 
475 aa  212  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1318  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.33 
 
 
502 aa  209  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497097  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  32 
 
 
486 aa  209  7e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7797  amidase  35.56 
 
 
447 aa  209  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986021  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.33 
 
 
485 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1213  amidase  35.78 
 
 
471 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1650  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.4 
 
 
483 aa  206  7e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000758087  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0518  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.4 
 
 
483 aa  206  7e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436865  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.11 
 
 
486 aa  205  1e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.53 
 
 
486 aa  203  4e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0368  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.64 
 
 
479 aa  203  7e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.29 
 
 
494 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  33.48 
 
 
549 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.44 
 
 
491 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.2 
 
 
491 aa  201  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.79 
 
 
483 aa  201  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.62 
 
 
482 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2947  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.06 
 
 
487 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  36.18 
 
 
512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.91 
 
 
489 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1458  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.98 
 
 
488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.4 
 
 
505 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0638  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.35 
 
 
494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.29 
 
 
475 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.77 
 
 
482 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.33 
 
 
491 aa  197  4.0000000000000005e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  39.04 
 
 
461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2615  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.91 
 
 
482 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3503  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.92 
 
 
486 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0709633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.33 
 
 
485 aa  196  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.37 
 
 
486 aa  195  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.13 
 
 
485 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1112  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.98 
 
 
491 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.881874  hitchhiker  0.000642876 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2117  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.36 
 
 
479 aa  195  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.893835  normal  0.399688 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4188  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  37.21 
 
 
492 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.834018  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4324  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.02 
 
 
485 aa  194  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000269124  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  35.27 
 
 
463 aa  194  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8074  Amidase  36.49 
 
 
496 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148196  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15821  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.47 
 
 
486 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1438  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.17 
 
 
485 aa  194  4e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0017  Amidase  37.28 
 
 
447 aa  193  5e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4342  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.29 
 
 
492 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.59 
 
 
485 aa  192  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0688  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.98 
 
 
484 aa  192  9e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.91 
 
 
488 aa  192  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0287  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.56 
 
 
486 aa  192  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000251975  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5097  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.33 
 
 
484 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4338  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.93 
 
 
490 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0068  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.12 
 
 
474 aa  191  2e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000049622 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3751  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.65 
 
 
485 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4320  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.86 
 
 
492 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1951  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.85 
 
 
490 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.759727 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1694  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  29.75 
 
 
487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.42 
 
 
487 aa  190  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10291  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.63 
 
 
484 aa  190  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.484565  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1020  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.26 
 
 
487 aa  189  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00154188  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1989  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.79 
 
 
485 aa  189  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>