More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3317 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_0928  amidase  71.43 
 
 
466 aa  637    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0873  amidase  73.67 
 
 
470 aa  638    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.753798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3317  amidase  100 
 
 
468 aa  955    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3473  amidase  90.95 
 
 
465 aa  831    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3453  amidase  69.82 
 
 
465 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3194  amidase  69.82 
 
 
465 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0903  amidase  71.24 
 
 
469 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00690645  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3332  amidase  69.82 
 
 
465 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0846  amidohydrolase, AtzE family  53.59 
 
 
464 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  52.02 
 
 
464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3028  amidase  54.34 
 
 
467 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  51.71 
 
 
457 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4203  amidase  50.9 
 
 
462 aa  432  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.742932  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0772  amidase  54.14 
 
 
472 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0317505  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0925  amidohydrolase, AtzE family  51.12 
 
 
465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0782  amidohydrolase, AtzE family  51.12 
 
 
465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2012  amidase  50.56 
 
 
471 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0494879  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4656  amidase  49.56 
 
 
482 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.292034  normal  0.221434 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1693  amidase  51.01 
 
 
471 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.070698 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0653  amidase  50.34 
 
 
466 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1125  amidase  50.79 
 
 
471 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0767616  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1654  amidase  55.32 
 
 
458 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0838482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2141  amidase  51.38 
 
 
461 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0408812  normal  0.103944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4054  amidase  51.26 
 
 
467 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200253  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0721  amidase  51.83 
 
 
475 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3713  amidase  53.59 
 
 
469 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0220  amidohydrolase, AtzE family  45.71 
 
 
454 aa  315  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  38.96 
 
 
463 aa  249  5e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.01 
 
 
486 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  34.97 
 
 
470 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.1 
 
 
475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  34.65 
 
 
491 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  37.94 
 
 
463 aa  243  6e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  33.54 
 
 
486 aa  243  7.999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.96 
 
 
486 aa  242  1e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  33.11 
 
 
470 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.18 
 
 
486 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4961  amidase  40.23 
 
 
446 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439817  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.91 
 
 
480 aa  234  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.96 
 
 
494 aa  233  6e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.44 
 
 
485 aa  233  7.000000000000001e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.21 
 
 
475 aa  232  9e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4441  amidase  40.46 
 
 
446 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104105 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.8 
 
 
485 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  35.91 
 
 
487 aa  227  3e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3335  amidase  40.14 
 
 
452 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18597  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  35.68 
 
 
461 aa  227  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5032  amidase  40.14 
 
 
446 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5252  amidase  39.33 
 
 
446 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3503  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.44 
 
 
486 aa  226  8e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0709633 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.47 
 
 
489 aa  225  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.04 
 
 
486 aa  224  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6031  amidase  37.64 
 
 
449 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.13 
 
 
491 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.85 
 
 
491 aa  221  3e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0373  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.3 
 
 
487 aa  221  3e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0268901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1438  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.97 
 
 
485 aa  219  8.999999999999998e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.62 
 
 
483 aa  218  1e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0287  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.17 
 
 
486 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000251975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.32 
 
 
485 aa  218  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.74 
 
 
482 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.7 
 
 
463 aa  216  5e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1541  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.99 
 
 
486 aa  216  5e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.859243  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.11 
 
 
485 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7797  amidase  34.59 
 
 
447 aa  216  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986021  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.85 
 
 
512 aa  215  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11900  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  35.79 
 
 
496 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.4 
 
 
479 aa  214  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846109  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0518  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.82 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436865  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1650  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.82 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000758087  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1955  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.8 
 
 
485 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1989  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.8 
 
 
485 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  36.2 
 
 
473 aa  213  7e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2117  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.33 
 
 
479 aa  212  1e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.893835  normal  0.399688 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3644  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.22 
 
 
485 aa  212  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3751  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.64 
 
 
485 aa  211  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0068  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.55 
 
 
474 aa  211  3e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000049622 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.45 
 
 
484 aa  211  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2341  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.37 
 
 
485 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314966  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3644  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.11 
 
 
508 aa  210  4e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  32.34 
 
 
461 aa  209  6e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.06 
 
 
486 aa  209  6e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09331  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.06 
 
 
486 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.963624  normal  0.0575081 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.83 
 
 
488 aa  209  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1458  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.88 
 
 
488 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4434  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  32.23 
 
 
486 aa  207  3e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.689377  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1333  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.76 
 
 
479 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0638  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.63 
 
 
494 aa  207  4e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3985  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.65 
 
 
489 aa  206  5e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.825512  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3193  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.2 
 
 
485 aa  206  6e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1694  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.44 
 
 
487 aa  206  6e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.85 
 
 
492 aa  206  8e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0118  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.61 
 
 
485 aa  206  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.88 
 
 
483 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.41 
 
 
484 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0322  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.09 
 
 
497 aa  204  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4462  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.22 
 
 
481 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.956052  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2730  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.78 
 
 
485 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0351101  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0688  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.68 
 
 
484 aa  204  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0151  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.26 
 
 
486 aa  203  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00414509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>