More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1927 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007336  Reut_C6340  amidase  88.41 
 
 		 440 aa  751    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  100 
 
 		 440 aa  866    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  66.29 
 
 		 448 aa  496  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  66.37 
 
 		 452 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  66.97 
 
 		 453 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  63.74 
 
 		 457 aa  437  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  53.18 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  53.86 
 
 		 449 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  57.3 
 
 		 447 aa  415  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  51.8 
 
 		 456 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  52.05 
 
 		 449 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  54.32 
 
 		 450 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  53.27 
 
 		 449 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  54.78 
 
 		 453 aa  394  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  52.34 
 
 		 449 aa  391  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  53.5 
 
 		 449 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  47.87 
 
 		 447 aa  371  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  54.05 
 
 		 462 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  54.52 
 
 		 476 aa  362  6e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  54.04 
 
 		 458 aa  362  9e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  48.21 
 
 		 449 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  53.12 
 
 		 458 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  53.12 
 
 		 458 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  54.19 
 
 		 457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  54.04 
 
 		 458 aa  355  1e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  54.04 
 
 		 458 aa  355  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  54.04 
 
 		 472 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  54.04 
 
 		 472 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  54.04 
 
 		 616 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  54.04 
 
 		 616 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  54.04 
 
 		 616 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  54.04 
 
 		 458 aa  350  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  47.37 
 
 		 457 aa  345  8e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  53.58 
 
 		 458 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  52.89 
 
 		 458 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  52.89 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  54.23 
 
 		 459 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  53.19 
 
 		 450 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  48.75 
 
 		 451 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  53.48 
 
 		 481 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  49.14 
 
 		 413 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  48.64 
 
 		 450 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  51.41 
 
 		 453 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  50.75 
 
 		 448 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  50.25 
 
 		 448 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  49.48 
 
 		 441 aa  296  5e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  48.35 
 
 		 469 aa  286  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  42.86 
 
 		 459 aa  279  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  41.57 
 
 		 456 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  44.95 
 
 		 423 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  41.94 
 
 		 453 aa  265  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  46.34 
 
 		 427 aa  263  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  40.9 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  45.01 
 
 		 457 aa  255  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  43.34 
 
 		 446 aa  250  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  43.34 
 
 		 446 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  40.9 
 
 		 437 aa  242  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  38.78 
 
 		 440 aa  236  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  38.4 
 
 		 452 aa  236  7e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  40.16 
 
 		 443 aa  230  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  40.14 
 
 		 443 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  47.79 
 
 		 435 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  41.04 
 
 		 465 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  36.08 
 
 		 447 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  41.75 
 
 		 451 aa  215  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  39.64 
 
 		 442 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  41.78 
 
 		 435 aa  211  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  37.14 
 
 		 457 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  45.35 
 
 		 427 aa  208  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4084  amidase  40.81 
 
 		 460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0573  amidase  37.14 
 
 		 407 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1493  amidase  34.46 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.807355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  39.37 
 
 		 441 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.66 
 
 		 463 aa  196  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  41.49 
 
 		 473 aa  196  8.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  39.14 
 
 		 436 aa  196  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  36.13 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  38.82 
 
 		 441 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0989  amidase  35.61 
 
 		 470 aa  193  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.77 
 
 		 467 aa  189  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.6 
 
 		 463 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  29.72 
 
 		 470 aa  186  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  37.56 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0220  amidase  33.85 
 
 		 471 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  34.95 
 
 		 461 aa  181  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  37.65 
 
 		 463 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  37.21 
 
 		 491 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  37.89 
 
 		 443 aa  179  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.55 
 
 		 469 aa  177  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  28.21 
 
 		 470 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1335  Amidase  35.03 
 
 		 454 aa  178  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.844408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7145  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.67 
 
 		 470 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  35.05 
 
 		 466 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6420  Amidase  32.65 
 
 		 466 aa  177  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  31.92 
 
 		 464 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  32.64 
 
 		 549 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  38.66 
 
 		 477 aa  175  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3644  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  44.44 
 
 		 508 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  40.92 
 
 		 485 aa  172  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  34.32 
 
 		 457 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>