More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2984 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2984  amidase  100 
 
 		 435 aa  846    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  62.91 
 
 		 437 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0573  amidase  59.37 
 
 		 407 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  55.32 
 
 		 427 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  58.64 
 
 		 435 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  56.19 
 
 		 427 aa  293  5e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  41.12 
 
 		 452 aa  285  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  43.61 
 
 		 456 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  43.55 
 
 		 447 aa  283  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  44.17 
 
 		 449 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  41.55 
 
 		 449 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  43.95 
 
 		 457 aa  266  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  44.53 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  41.22 
 
 		 449 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  40.49 
 
 		 463 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  40.37 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  41.06 
 
 		 449 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  41.33 
 
 		 449 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  42.44 
 
 		 449 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  41.98 
 
 		 413 aa  249  5e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  42.86 
 
 		 447 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  46.25 
 
 		 453 aa  246  4e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  43.04 
 
 		 451 aa  243  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  44.11 
 
 		 453 aa  242  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  41.69 
 
 		 448 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  38.99 
 
 		 456 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  44.76 
 
 		 457 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  40.38 
 
 		 440 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  41.71 
 
 		 440 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  42.41 
 
 		 452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  39.96 
 
 		 441 aa  232  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  39.28 
 
 		 469 aa  232  9e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  43.34 
 
 		 453 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  39.8 
 
 		 457 aa  231  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  43.42 
 
 		 450 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  38.21 
 
 		 456 aa  226  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  37.05 
 
 		 459 aa  226  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  42.42 
 
 		 448 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  42.67 
 
 		 448 aa  222  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  40.15 
 
 		 458 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  39.65 
 
 		 458 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  39.65 
 
 		 458 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  34.54 
 
 		 423 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  40.4 
 
 		 458 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  39.95 
 
 		 457 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  38.6 
 
 		 453 aa  206  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  39.95 
 
 		 462 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  40.4 
 
 		 458 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  33.81 
 
 		 447 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  39.49 
 
 		 616 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  39.49 
 
 		 616 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  39.49 
 
 		 616 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  39.65 
 
 		 458 aa  199  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  39.58 
 
 		 458 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  39.58 
 
 		 458 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  39.53 
 
 		 472 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  40.85 
 
 		 459 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  39.53 
 
 		 472 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  38.62 
 
 		 451 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  39.28 
 
 		 476 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  36.23 
 
 		 440 aa  192  7e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  39.6 
 
 		 458 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  40.62 
 
 		 465 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  39.95 
 
 		 481 aa  186  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  39.57 
 
 		 441 aa  184  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4618  amidase  34.01 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  39.08 
 
 		 441 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  35.45 
 
 		 442 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  33.64 
 
 		 457 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  39.17 
 
 		 436 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1335  Amidase  35.85 
 
 		 454 aa  177  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.844408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  35.14 
 
 		 468 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4367  Amidase  38.69 
 
 		 416 aa  172  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  37.44 
 
 		 458 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  35.28 
 
 		 443 aa  169  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1059  amidase  34.11 
 
 		 405 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2027  Amidase  37.68 
 
 		 475 aa  160  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  35.49 
 
 		 446 aa  160  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.87 
 
 		 467 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0925  amidohydrolase, AtzE family  36.59 
 
 		 465 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0782  amidohydrolase, AtzE family  36.59 
 
 		 465 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0827  Amidase  34.23 
 
 		 470 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0223449  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.33 
 
 		 461 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  35.49 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  34.07 
 
 		 443 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  33.03 
 
 		 463 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  35.01 
 
 		 477 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  30.37 
 
 		 466 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.9 
 
 		 480 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4393  amidase  33.09 
 
 		 450 aa  154  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0220  amidase  31.92 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  31.74 
 
 		 464 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  35.63 
 
 		 443 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  50 
 
 		 473 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6420  Amidase  31.24 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1213  amidase  32.36 
 
 		 471 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1011  indole acetimide hydrolase  34.61 
 
 		 484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0836853 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4787  Amidase  35.79 
 
 		 516 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.22 
 
 		 485 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4656  amidase  35.71 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.292034  normal  0.221434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>