More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3413 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  100 
 
 		 453 aa  905    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  62.72 
 
 		 456 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  62.64 
 
 		 459 aa  559  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  60.27 
 
 		 456 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  45.39 
 
 		 457 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  45.52 
 
 		 442 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  41.02 
 
 		 447 aa  292  7e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  39.87 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  48.32 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  42.83 
 
 		 451 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  39.3 
 
 		 463 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  39.51 
 
 		 447 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  40.96 
 
 		 449 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  42.28 
 
 		 440 aa  282  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  41.35 
 
 		 453 aa  281  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  44.3 
 
 		 450 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  42.47 
 
 		 450 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  40.4 
 
 		 449 aa  277  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  42.82 
 
 		 457 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  42.13 
 
 		 440 aa  272  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  42.23 
 
 		 450 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  44.42 
 
 		 477 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  43.15 
 
 		 449 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  43.26 
 
 		 449 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  42.79 
 
 		 448 aa  269  8.999999999999999e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  39.57 
 
 		 449 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  43.33 
 
 		 427 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  42.49 
 
 		 449 aa  266  7e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  42.73 
 
 		 452 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  40.86 
 
 		 465 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  41.71 
 
 		 413 aa  259  6e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  40.54 
 
 		 457 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  38.54 
 
 		 440 aa  256  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  39.42 
 
 		 447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  42.6 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  44.7 
 
 		 458 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  44.7 
 
 		 458 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  40 
 
 		 437 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  41.22 
 
 		 441 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  38.96 
 
 		 469 aa  249  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  40.57 
 
 		 443 aa  248  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  41.01 
 
 		 453 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  44.19 
 
 		 458 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  37.7 
 
 		 441 aa  243  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  43.37 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  43.94 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  43.37 
 
 		 616 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  43.37 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  43.37 
 
 		 616 aa  240  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  43.37 
 
 		 472 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  43.37 
 
 		 472 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  43.37 
 
 		 616 aa  240  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  43.11 
 
 		 476 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  41.91 
 
 		 462 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  44.95 
 
 		 458 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  43.94 
 
 		 458 aa  236  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  44.19 
 
 		 458 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  39.29 
 
 		 441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  43.06 
 
 		 435 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  38.25 
 
 		 451 aa  233  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  39.06 
 
 		 436 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2027  Amidase  42.46 
 
 		 475 aa  232  8.000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  40 
 
 		 443 aa  228  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  37.24 
 
 		 452 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  40.31 
 
 		 446 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  39.53 
 
 		 446 aa  226  8e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  41.71 
 
 		 459 aa  224  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_004310  BR0573  amidase  36.29 
 
 		 407 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  37.09 
 
 		 457 aa  212  9e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  35.64 
 
 		 423 aa  212  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  40.21 
 
 		 448 aa  211  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  41.67 
 
 		 481 aa  210  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  43.76 
 
 		 427 aa  208  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  39.43 
 
 		 448 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0327  amidase  39.48 
 
 		 422 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  32.76 
 
 		 470 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  38.16 
 
 		 435 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  31.33 
 
 		 470 aa  190  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  38.05 
 
 		 458 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  35.1 
 
 		 443 aa  184  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.07 
 
 		 463 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4084  amidase  36.29 
 
 		 460 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4364  amidase  34.92 
 
 		 471 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000480403  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  35.66 
 
 		 461 aa  179  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  34.52 
 
 		 468 aa  177  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  34.33 
 
 		 461 aa  177  5e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1493  amidase  34.44 
 
 		 432 aa  176  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.807355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4618  amidase  32.56 
 
 		 473 aa  172  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.82 
 
 		 463 aa  171  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0782  amidohydrolase, AtzE family  35.82 
 
 		 465 aa  168  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0925  amidohydrolase, AtzE family  35.82 
 
 		 465 aa  168  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  32.04 
 
 		 463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  31.52 
 
 		 464 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7392  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.32 
 
 		 451 aa  166  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3559  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.04 
 
 		 498 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0572213  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.62 
 
 		 480 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4367  Amidase  37.69 
 
 		 416 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.05 
 
 		 467 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  34.75 
 
 		 599 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  32.98 
 
 		 607 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>