More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1688 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2934  amidase  74.16 
 
 		 450 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  79.29 
 
 		 449 aa  708    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  100 
 
 		 449 aa  897    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  80.85 
 
 		 463 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  78.4 
 
 		 449 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  71.53 
 
 		 449 aa  619  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  69.93 
 
 		 449 aa  596  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  63.7 
 
 		 447 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  62.41 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  54.81 
 
 		 456 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  50.79 
 
 		 447 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  53.86 
 
 		 440 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  50.45 
 
 		 449 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  51.48 
 
 		 440 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  52.93 
 
 		 452 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  51.93 
 
 		 448 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  52.29 
 
 		 458 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  53.67 
 
 		 453 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  53.68 
 
 		 457 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  51.61 
 
 		 458 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  51.61 
 
 		 458 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  52.29 
 
 		 458 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  53.32 
 
 		 458 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  50.22 
 
 		 462 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  51.83 
 
 		 458 aa  358  9e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  51.83 
 
 		 458 aa  358  9e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  51.83 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  51.83 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  51.83 
 
 		 616 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  51.83 
 
 		 616 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  51.83 
 
 		 616 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  51.72 
 
 		 476 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  48.55 
 
 		 450 aa  357  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  51.38 
 
 		 458 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  51.61 
 
 		 458 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  49.33 
 
 		 450 aa  353  4e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  46.09 
 
 		 451 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  51.72 
 
 		 459 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  51.43 
 
 		 457 aa  344  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  45.6 
 
 		 469 aa  340  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  44.8 
 
 		 457 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  52.6 
 
 		 453 aa  333  3e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  51.28 
 
 		 441 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  46.84 
 
 		 448 aa  330  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  46.62 
 
 		 448 aa  329  8e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  49.77 
 
 		 481 aa  324  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  44.75 
 
 		 457 aa  319  7.999999999999999e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  46.6 
 
 		 413 aa  316  5e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  41.65 
 
 		 459 aa  306  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  41.4 
 
 		 456 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  49.2 
 
 		 427 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  42.89 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  42.97 
 
 		 451 aa  264  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  40.31 
 
 		 453 aa  265  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  40.94 
 
 		 423 aa  256  8e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  40.66 
 
 		 440 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  40.58 
 
 		 446 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  38.97 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  47.33 
 
 		 435 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  40.05 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  38.17 
 
 		 457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  43.47 
 
 		 435 aa  239  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  40.16 
 
 		 437 aa  239  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  40.26 
 
 		 442 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2797  amidase  37.73 
 
 		 443 aa  233  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  46.98 
 
 		 427 aa  230  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  39.09 
 
 		 465 aa  229  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  32.75 
 
 		 447 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4084  amidase  39.43 
 
 		 460 aa  219  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  38.88 
 
 		 441 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  38.65 
 
 		 436 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0573  amidase  37.4 
 
 		 407 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  40.16 
 
 		 441 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  37.05 
 
 		 443 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.33 
 
 		 467 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1493  amidase  33.03 
 
 		 432 aa  183  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.807355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  35.18 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  39.16 
 
 		 477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  30.59 
 
 		 470 aa  177  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  36.13 
 
 		 443 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2027  Amidase  37.22 
 
 		 475 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  30.26 
 
 		 470 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.91 
 
 		 483 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4367  Amidase  38.6 
 
 		 416 aa  170  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  31.39 
 
 		 461 aa  169  6e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1335  Amidase  34.51 
 
 		 454 aa  169  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.844408  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7797  amidase  33.04 
 
 		 447 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.7 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  32.19 
 
 		 469 aa  168  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.5 
 
 		 485 aa  167  4e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  31.65 
 
 		 457 aa  166  9e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  36.02 
 
 		 461 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1547  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.01 
 
 		 472 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0460524  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  33.42 
 
 		 601 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.68 
 
 		 463 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0327  amidase  39.21 
 
 		 422 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4203  amidase  31.09 
 
 		 462 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.742932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  30.94 
 
 		 464 aa  164  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0229  amidase  31.19 
 
 		 455 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  32.69 
 
 		 466 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>