More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3802 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  55.65 
 
 		 597 aa  638    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  80 
 
 		 601 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  75.13 
 
 		 631 aa  836    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  85.31 
 
 		 599 aa  978    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  69.7 
 
 		 597 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  100 
 
 		 599 aa  1180    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  60.64 
 
 		 596 aa  621  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  56.45 
 
 		 607 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  58.18 
 
 		 601 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  57.38 
 
 		 603 aa  589  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  54.7 
 
 		 611 aa  571  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  55.39 
 
 		 611 aa  566  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  56.25 
 
 		 625 aa  566  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  52.11 
 
 		 614 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  52.69 
 
 		 600 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  54.01 
 
 		 604 aa  545  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  50.42 
 
 		 607 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  53.37 
 
 		 596 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  54.53 
 
 		 599 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  48.62 
 
 		 628 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  50.08 
 
 		 601 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  50.33 
 
 		 601 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  53.15 
 
 		 609 aa  508  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  52.82 
 
 		 616 aa  505  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  48.82 
 
 		 596 aa  497  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  47.64 
 
 		 604 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  50.48 
 
 		 624 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  44.97 
 
 		 600 aa  491  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  49.83 
 
 		 601 aa  485  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  52.13 
 
 		 600 aa  484  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  54.82 
 
 		 588 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  48.65 
 
 		 601 aa  481  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  49.41 
 
 		 600 aa  479  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  47.08 
 
 		 590 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  49.17 
 
 		 621 aa  480  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  48.86 
 
 		 618 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  52.84 
 
 		 609 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  42.95 
 
 		 598 aa  477  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  49.68 
 
 		 633 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  46.52 
 
 		 604 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  53.79 
 
 		 569 aa  471  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  51.91 
 
 		 606 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  51.3 
 
 		 600 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  48.99 
 
 		 589 aa  468  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  49.84 
 
 		 623 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  42.86 
 
 		 598 aa  464  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  51.18 
 
 		 576 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  49.92 
 
 		 623 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  46.1 
 
 		 609 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  49.67 
 
 		 621 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  49.5 
 
 		 601 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  43.97 
 
 		 1822 aa  434  1e-120  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  48.78 
 
 		 565 aa  423  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  45.25 
 
 		 620 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  49.01 
 
 		 471 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  49.48 
 
 		 523 aa  385  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  50.64 
 
 		 502 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  51.88 
 
 		 484 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  43.2 
 
 		 578 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  43.2 
 
 		 578 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  43.2 
 
 		 578 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  41.47 
 
 		 569 aa  366  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  44.84 
 
 		 553 aa  361  3e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  45.57 
 
 		 603 aa  351  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  44.98 
 
 		 467 aa  351  3e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  45.3 
 
 		 554 aa  349  8e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  46.27 
 
 		 572 aa  344  2.9999999999999997e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  48.36 
 
 		 467 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  48.36 
 
 		 467 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  42.32 
 
 		 540 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  44.1 
 
 		 595 aa  334  2e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1484  amidase  45.52 
 
 		 460 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  45.54 
 
 		 456 aa  327  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  42.4 
 
 		 627 aa  325  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  42.57 
 
 		 437 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1891  Urea carboxylase  53.95 
 
 		 248 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1114  Urea carboxylase  53.95 
 
 		 248 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.57 
 
 		 483 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.09 
 
 		 475 aa  174  5e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.07 
 
 		 479 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.26 
 
 		 480 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  35.2 
 
 		 457 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.04 
 
 		 483 aa  162  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  32.82 
 
 		 459 aa  160  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  33.26 
 
 		 449 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1917  allophanate hydrolase  41.12 
 
 		 186 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.691164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  33.55 
 
 		 456 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0343  amidase  34.78 
 
 		 450 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.605191  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.29 
 
 		 485 aa  157  6e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.15 
 
 		 475 aa  157  7e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  33.04 
 
 		 463 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.14 
 
 		 495 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1993  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.71 
 
 		 426 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.348546 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  32.43 
 
 		 466 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.98 
 
 		 483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.25 
 
 		 483 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3235  amidase  34.92 
 
 		 488 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0114439  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.51 
 
 		 491 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  32.46 
 
 		 458 aa  154  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  35.2 
 
 		 499 aa  153  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>