171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1000 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1000  pentapeptide repeat-containing protein  100 
 
 		 118 aa  243  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000366371  unclonable  5.80978e-19 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4794  pentapeptide repeat-containing protein  75.44 
 
 		 114 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103308  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0975  pentapeptide repeat domain protein  73.45 
 
 		 114 aa  180  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000613608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0840  pentapeptide repeat-containing protein  72.57 
 
 		 114 aa  175  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000049264  decreased coverage  0.0000626764 
 
 
 
NC_009656  PSPA7_5418  hypothetical protein  71.17 
 
 		 115 aa  170  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0625399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62240  hypothetical protein  71.17 
 
 		 115 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000219088  normal  0.290118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0677  pentapeptide repeat-containing protein  56.76 
 
 		 122 aa  131  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.751954  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3061  pentapeptide repeat-containing protein  43.24 
 
 		 121 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3557  pentapeptide repeat protein  34.18 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.951665  normal  0.239792 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0030  pentapeptide repeat-containing protein  31.03 
 
 		 359 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.108145 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0301  pentapeptide repeat-containing protein  38.36 
 
 		 263 aa  51.2  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  48.08 
 
 		 870 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.36 
 
 		 14916 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3418  pentapeptide repeat-containing protein  36.99 
 
 		 256 aa  49.7  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0246  pentapeptide repeat-containing protein  38.46 
 
 		 412 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.81066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2288  pentapeptide repeat protein  44.07 
 
 		 277 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00748476  unclonable  0.0000000000682389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1212  pentapeptide repeat-containing protein  38.96 
 
 		 420 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.643735 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2944  pentapeptide repeat-containing protein  40.68 
 
 		 172 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.281269  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0684  pentapeptide repeat-containing protein  45.45 
 
 		 215 aa  47.4  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0192  pentapeptide repeat-containing protein  37.04 
 
 		 181 aa  47.4  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.493873  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0258  hypothetical protein  42.86 
 
 		 147 aa  47  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1663  pentapeptide repeat protein  33.33 
 
 		 309 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2304  pentapeptide repeat protein  38.24 
 
 		 234 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0415  hypothetical protein  42.37 
 
 		 325 aa  46.2  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0884  serine/threonine protein kinase with pentapeptide repeats  40 
 
 		 563 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.741036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2355  pentapeptide repeat protein  38.24 
 
 		 234 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.390943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1326  pentapeptide repeat-containing protein  30 
 
 		 497 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1582  pentapeptide repeat-containing protein  33.02 
 
 		 299 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00696223 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3198  pentapeptide repeat protein  35.44 
 
 		 294 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00492163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0857  serine/threonine protein kinase with pentapeptide repeats  40 
 
 		 563 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4520  pentapeptide repeat protein  29.79 
 
 		 273 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0019  pentapeptide repeat-containing protein  36.36 
 
 		 292 aa  46.2  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400102  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3321  pentapeptide repeat protein  35.29 
 
 		 340 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2086  hypothetical protein  29.36 
 
 		 156 aa  45.4  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3834  pentapeptide repeat-containing protein  44.9 
 
 		 264 aa  45.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0087  hypothetical protein  40.32 
 
 		 600 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5734  pentapeptide repeat protein  37.29 
 
 		 266 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1025  pentapeptide repeat protein  34.67 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00638756 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1228  hypothetical protein  34.85 
 
 		 168 aa  45.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00146717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1237  pentapeptide repeat-containing protein  36.9 
 
 		 438 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.234159 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3400  serine/threonine protein kinase  34.07 
 
 		 567 aa  45.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.110331 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1482  pentapeptide repeat-containing protein  35.14 
 
 		 392 aa  44.7  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0501113  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2382  pentapeptide repeat protein  38.81 
 
 		 216 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0542  hypothetical protein  33.33 
 
 		 880 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1224  hypothetical protein  39.34 
 
 		 745 aa  44.3  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.605916  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  39.51 
 
 		 1901 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0810  pentapeptide repeat protein  37.21 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5479  hypothetical protein  45.45 
 
 		 279 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0226407  decreased coverage  0.00750026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1254  pentapeptide repeat-containing protein  32.47 
 
 		 213 aa  44.3  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4112  pentapeptide repeat-containing protein  34.62 
 
 		 278 aa  44.3  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0612  pentapeptide repeat-containing protein  33.33 
 
 		 880 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.65281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0723  pentapeptide repeat-containing protein  33.33 
 
 		 880 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1681  pentapeptide repeat-containing protein  33.33 
 
 		 880 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1222  pentapeptide repeat protein  25.83 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.154284  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0783  pentapeptide repeat protein  37.21 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0020  TPR repeat-containing protein  32.89 
 
 		 256 aa  43.9  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4849  pentapeptide repeat-containing protein  41.94 
 
 		 973 aa  43.9  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.692365  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0386  pentapeptide repeat protein  31.34 
 
 		 509 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4536  pentapeptide repeat protein  40.98 
 
 		 184 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.339065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4963  pentapeptide repeat-containing protein  40 
 
 		 489 aa  43.9  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2706  pentapeptide repeat-containing protein  35.19 
 
 		 225 aa  43.9  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1751  pentapeptide repeat-containing protein  35.06 
 
 		 212 aa  43.9  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00861009  normal  0.11682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2409  pentapeptide repeat-containing protein  35 
 
 		 885 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0686  pentapeptide repeat-containing protein  32.1 
 
 		 152 aa  43.5  0.0009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0322373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  34.58 
 
 		 491 aa  43.9  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0058  pentapeptide repeat-containing protein  39.62 
 
 		 205 aa  43.5  0.0009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.108417  normal  0.321284 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5569  pentapeptide repeat protein  31.25 
 
 		 184 aa  43.9  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2972  pentapeptide repeat protein  34.52 
 
 		 145 aa  43.9  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4134  pentapeptide repeat protein  36.99 
 
 		 137 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.159468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0710  hypothetical protein  32.2 
 
 		 381 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.720138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4398  pentapeptide repeat-containing protein  27.18 
 
 		 521 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0324397  hitchhiker  0.0000237208 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3546  pentapeptide repeat-containing protein  36.25 
 
 		 293 aa  43.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000394958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0195  hypothetical protein  32.5 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.673966 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5548  pentapeptide repeat protein  33.75 
 
 		 276 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.262169  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2987  pentapeptide repeat protein  33.77 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5268  pentapeptide repeat protein  33.78 
 
 		 180 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.155872 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4286  pentapeptide repeat-containing protein  35.8 
 
 		 204 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0433008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0533  pentapeptide repeat protein  33.33 
 
 		 355 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0677  pentapeptide repeat-containing protein  42.86 
 
 		 214 aa  43.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.606696  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0523  pentapeptide repeat protein  42.37 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.567805  hitchhiker  0.0000149472 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1383  pentapeptide repeat protein  47.06 
 
 		 327 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.100104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3099  pentapeptide repeat-containing protein  41.38 
 
 		 284 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.240608  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0256  pentapeptide repeat protein  41.25 
 
 		 442 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.306319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1241  pentapeptide repeat protein  35.62 
 
 		 412 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0335657 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3157  pentapeptide repeat protein  38.1 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.400577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2939  pentapeptide repeat protein  38.1 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5950  pentapeptide repeat protein  43.64 
 
 		 289 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2772  pentapeptide repeat-containing protein  33.75 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2505  pentapeptide repeat protein  35.09 
 
 		 371 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2216  pentapeptide repeat protein  32 
 
 		 267 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000619186  normal  0.061553 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3276  pentapeptide repeat-containing protein  38.18 
 
 		 319 aa  42.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.300085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1260  pentapeptide repeat-containing protein  43.14 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  hitchhiker  0.00173599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  32.58 
 
 		 872 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2131  pentapeptide repeat-containing protein  32.14 
 
 		 880 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4837  pentapeptide repeat-containing protein  29.63 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000291889  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1956  pentapeptide repeat-containing protein  32.1 
 
 		 219 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.342311  normal  0.646224 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2272  pentapeptide repeat-containing protein  33.78 
 
 		 681 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3735  pentapeptide repeat-containing protein  38.6 
 
 		 206 aa  42.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3786  pentapeptide repeat-containing protein  38.6 
 
 		 206 aa  42.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0225  pentapeptide repeat protein  36.21 
 
 		 447 aa  42.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>