More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0533 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0533  pentapeptide repeat protein  100 
 
 
355 aa  711    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2868  pentapeptide repeat protein  33.53 
 
 
370 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4190  pentapeptide repeat-containing protein  31.25 
 
 
356 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0204  pentapeptide repeat protein  30.72 
 
 
358 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.550889  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2442  pentapeptide repeat protein  30.94 
 
 
356 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0030  pentapeptide repeat-containing protein  28.02 
 
 
359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.108145 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0025  pentapeptide repeat-containing protein  29.45 
 
 
348 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3781  pentapeptide repeat protein  30.33 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0710  hypothetical protein  27.21 
 
 
381 aa  114  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.720138  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0253  pentapeptide repeat-containing protein  28.95 
 
 
360 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1899  hypothetical protein  28.65 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1705  pentapeptide repeat-containing protein  28.65 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1197  hypothetical protein  28.65 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0910  hypothetical protein  28.65 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0344  pentapeptide repeat-containing protein  28.65 
 
 
360 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61884  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2344  pentapeptide repeat protein  32.9 
 
 
311 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00177045 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5254  pentapeptide repeat protein  29.49 
 
 
449 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.440739 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2034  pentapeptide repeat-containing protein  30 
 
 
354 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.895251  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26570  Pentapeptide repeat protein  29.78 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.146804  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2132  pentapeptide repeat-containing protein  31.16 
 
 
354 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.855918  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1682  hypothetical protein  31.29 
 
 
354 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0613  hypothetical protein  31.29 
 
 
354 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.205681  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0724  hypothetical protein  31.29 
 
 
354 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3427  pentapeptide repeat-containing protein  23.25 
 
 
367 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3556  pentapeptide repeat-containing protein  23.25 
 
 
367 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3321  pentapeptide repeat protein  26.73 
 
 
340 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0543  hypothetical protein  30.84 
 
 
354 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3628  pentapeptide repeat protein  27.7 
 
 
320 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3417  pentapeptide repeat-containing protein  24.59 
 
 
448 aa  93.6  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.462451  normal  0.146874 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0198  pentapeptide repeat-containing protein  28.99 
 
 
862 aa  93.6  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.726788  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1663  pentapeptide repeat protein  31.23 
 
 
309 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0392  pentapeptide repeat protein  30.57 
 
 
291 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4191  pentapeptide repeat-containing protein  28.43 
 
 
844 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0383  pentapeptide repeat protein  30.57 
 
 
291 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1239  pentapeptide repeat-containing protein  27.58 
 
 
493 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.101838  normal  0.0181716 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3276  pentapeptide repeat-containing protein  29.43 
 
 
319 aa  90.5  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.300085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1259  pentapeptide repeat-containing protein  32.16 
 
 
452 aa  90.5  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.563551  hitchhiker  0.00447434 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0761  pentapeptide repeat-containing protein  27.88 
 
 
1191 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.515894  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4850  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
576 aa  89.4  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00626433 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  30.84 
 
 
872 aa  88.2  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4398  pentapeptide repeat-containing protein  26.15 
 
 
521 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0324397  hitchhiker  0.0000237208 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4721  pentapeptide repeat protein  27.97 
 
 
332 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.388862 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0861  pentapeptide repeat-containing protein  29.11 
 
 
354 aa  87.8  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0186818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  29.97 
 
 
870 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2867  pentapeptide repeat protein  29.17 
 
 
881 aa  87.4  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.113451  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2697  pentapeptide repeat protein  27.74 
 
 
336 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.836174  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3419  pentapeptide repeat protein  27.74 
 
 
336 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1024  pentapeptide repeat-containing protein  31.58 
 
 
389 aa  86.3  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.299453  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3780  pentapeptide repeat protein  29.24 
 
 
866 aa  85.9  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0862  pentapeptide repeat-containing protein  30.03 
 
 
872 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0163712  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1201  pentapeptide repeat-containing protein  32.5 
 
 
515 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0514272  normal  0.288763 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0246  pentapeptide repeat-containing protein  27.92 
 
 
412 aa  85.1  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.81066  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3404  pentapeptide repeat protein  25.43 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.559073  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0087  hypothetical protein  27.57 
 
 
600 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1703  pentapeptide repeat protein  30.74 
 
 
295 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.279305  normal  0.0241547 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2699  pentapeptide repeat protein  24.17 
 
 
401 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0252  pentapeptide repeat-containing protein  31.01 
 
 
825 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1704  pentapeptide repeat-containing protein  30.66 
 
 
862 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1025  pentapeptide repeat protein  26.95 
 
 
333 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00638756 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2015  pentapeptide repeat-containing protein  29.06 
 
 
447 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.869172  normal  0.493444 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0542  hypothetical protein  26.94 
 
 
880 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1750  pentapeptide repeat protein  24.17 
 
 
440 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2033  pentapeptide repeat-containing protein  26.6 
 
 
877 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2767  pentapeptide repeat protein  25.08 
 
 
408 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1900  pentapeptide repeat-containing protein  31.16 
 
 
825 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2173  pentapeptide repeat-containing protein  31.16 
 
 
825 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1681  pentapeptide repeat-containing protein  26.94 
 
 
880 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1198  pentapeptide repeat-containing protein  31.16 
 
 
825 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0612  pentapeptide repeat-containing protein  26.94 
 
 
880 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.65281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0911  pentapeptide repeat-containing protein  31.16 
 
 
825 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0723  pentapeptide repeat-containing protein  26.94 
 
 
880 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0029  pentapeptide repeat-containing protein  23.42 
 
 
976 aa  80.9  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271954 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2131  pentapeptide repeat-containing protein  26.6 
 
 
880 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2093  pentapeptide repeat-containing protein  27 
 
 
351 aa  79.3  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.391868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0203  pentapeptide repeat protein  26.62 
 
 
886 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.713128  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0343  pentapeptide repeat-containing protein  30.07 
 
 
825 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1938  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3400  serine/threonine protein kinase  28.18 
 
 
567 aa  79  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.110331 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3289  pentapeptide repeat containing protein  28.57 
 
 
237 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.051928  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2443  Protein of unknown function DUF2169  27.11 
 
 
846 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0024  pentapeptide repeat-containing protein  25.7 
 
 
949 aa  77.8  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3507  pentapeptide repeat-containing protein  29 
 
 
483 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1212  pentapeptide repeat-containing protein  24.65 
 
 
420 aa  76.3  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.643735 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1083  pentapeptide repeat-containing protein  19.33 
 
 
607 aa  76.3  0.0000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.581758  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2700  pentapeptide repeat-containing protein  29.05 
 
 
517 aa  76.3  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1231  pentapeptide repeat-containing protein  28.67 
 
 
363 aa  75.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.388459  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0870  pentapeptide repeat-containing protein  21.75 
 
 
635 aa  75.9  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4963  pentapeptide repeat-containing protein  27.76 
 
 
489 aa  75.5  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3402  pentapeptide repeat protein  24.66 
 
 
401 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1012  pentapeptide repeat protein  27.1 
 
 
309 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0736311 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2701  pentapeptide repeat protein  24.66 
 
 
401 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5145  pentapeptide repeat-containing protein  31.49 
 
 
456 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3994  RDD domain containing protein  26.16 
 
 
734 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412081 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2951  hypothetical protein  26.07 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000137449  normal  0.0109171 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0563  pentapeptide repeat-containing protein  25.97 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.643792 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1286  hypothetical protein  31.37 
 
 
412 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.184904  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1785  pentapeptide repeat-containing protein  31.05 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3811  pentapeptide repeat protein  26.01 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3762  pentapeptide repeat protein  26.01 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1610  pentapeptide repeat protein  28.29 
 
 
408 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000228674  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1241  pentapeptide repeat protein  26.96 
 
 
412 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0335657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>