More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0242 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0242  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  100 
 
 		 408 aa  824    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1171  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  86.62 
 
 		 411 aa  738    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.568284  normal  0.119689 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0078  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  83.45 
 
 		 411 aa  707    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0695482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1010  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  83.7 
 
 		 411 aa  705    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000495902 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1531  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  58.48 
 
 		 408 aa  484  1e-135  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0563  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  47.78 
 
 		 423 aa  382  1e-105  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0803  protein synthesis factor GTP-binding protein  45.05 
 
 		 408 aa  364  2e-99  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0246  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  43.81 
 
 		 410 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0455  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  44.5 
 
 		 410 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1464  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  44.25 
 
 		 410 aa  349  4e-95  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0382  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  44.91 
 
 		 410 aa  349  6e-95  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1389  protein synthesis factor GTP-binding protein  43.69 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0523  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  44.42 
 
 		 410 aa  348  1e-94  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3452  protein synthesis factor GTP-binding protein  45.97 
 
 		 410 aa  346  5e-94  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1486  protein synthesis factor GTP-binding protein  46.57 
 
 		 409 aa  345  8.999999999999999e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.848382  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2240  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  45.3 
 
 		 411 aa  345  1e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0287  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  45.43 
 
 		 426 aa  344  2e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2398  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  45.48 
 
 		 412 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0660  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  43.24 
 
 		 411 aa  341  2e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1319  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  43.95 
 
 		 409 aa  338  7e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.472649  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2278  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  45.43 
 
 		 408 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2209  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  45.34 
 
 		 411 aa  334  1e-90  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.211822  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2243  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  41.77 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.241915  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0605  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  43.56 
 
 		 411 aa  325  7e-88  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0730  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  47.52 
 
 		 410 aa  323  5e-87  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0247  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  44.8 
 
 		 403 aa  322  6e-87  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2861  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  41.67 
 
 		 411 aa  317  2e-85  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00223054  normal  0.810551 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0072  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  40.05 
 
 		 420 aa  311  1e-83  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83918  predicted protein  38.1 
 
 		 522 aa  297  2e-79  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.652137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32338  predicted protein  38.72 
 
 		 463 aa  296  4e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.207682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_42307  predicted protein  38.69 
 
 		 453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000154334  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01480  eukaryotic translation initiation factor 2 gamma, putative  36 
 
 		 473 aa  276  5e-73  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04470  hypothetical protein similar to translation initiation factor 2 gamma subunit (Broad)  37.65 
 
 		 514 aa  274  2.0000000000000002e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.972287  normal  0.290291 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0762  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.33 
 
 		 634 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.97012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3173  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  33.44 
 
 		 644 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0769  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.61 
 
 		 629 aa  126  6e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.709604  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2506  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.58 
 
 		 650 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3415  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  35.77 
 
 		 636 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1693  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.04 
 
 		 643 aa  124  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.986647 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1094  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.42 
 
 		 635 aa  123  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2441  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.12 
 
 		 642 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2019  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.08 
 
 		 634 aa  123  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0284313  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0102  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.33 
 
 		 636 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0673  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.15 
 
 		 635 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2086  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.33 
 
 		 657 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0347898  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1385  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.77 
 
 		 619 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0832  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.38 
 
 		 637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0653  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.1 
 
 		 636 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0190681  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2185  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.77 
 
 		 635 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.573253  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2503  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  31.43 
 
 		 634 aa  117  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00650537  normal  0.143065 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1220  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.19 
 
 		 642 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00584658  normal  0.153868 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1647  selenocysteine-specific translation elongation factor  29 
 
 		 644 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00236334  hitchhiker  0.000000010303 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0034  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.38 
 
 		 636 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11400  selenocysteine-specific elongation factor SelB  31.41 
 
 		 657 aa  114  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1547  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.58 
 
 		 601 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3567  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.2 
 
 		 636 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6613  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.51 
 
 		 648 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0913819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0035  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.03 
 
 		 636 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3918  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.98 
 
 		 614 aa  110  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.696319 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4088  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.98 
 
 		 614 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0164  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.4 
 
 		 636 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03445  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.98 
 
 		 614 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4961  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.98 
 
 		 614 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.503297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03396  hypothetical protein  27.98 
 
 		 614 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6555  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.79 
 
 		 637 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0281066  hitchhiker  0.00125424 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4150  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.78 
 
 		 649 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00997007 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0118  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.72 
 
 		 614 aa  108  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25300  selenocysteine-specific elongation factor SelB  30.18 
 
 		 641 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3795  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.72 
 
 		 614 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2560  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.51 
 
 		 631 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.475206  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4266  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.48 
 
 		 634 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2825  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.65 
 
 		 643 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.518854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1810  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.18 
 
 		 627 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0123  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.72 
 
 		 614 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09660  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.01 
 
 		 594 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0448  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.71 
 
 		 649 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0585  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.52 
 
 		 604 aa  107  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0447  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.47 
 
 		 649 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.436923  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1114  selenocysteine-specific translation elongation factor  25.88 
 
 		 633 aa  106  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.366063 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2548  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.93 
 
 		 637 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4628  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  27.42 
 
 		 628 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.889697 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4005  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.46 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.799296  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0419  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  28.22 
 
 		 649 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5216  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.16 
 
 		 565 aa  103  8e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1982  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  33.94 
 
 		 612 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.869997  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0487  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.6 
 
 		 605 aa  103  8e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5304  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.16 
 
 		 565 aa  103  8e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2869  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.93 
 
 		 655 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0571166  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1123  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.7 
 
 		 627 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5596  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.16 
 
 		 570 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.436165 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2083  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.17 
 
 		 611 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2372  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.36 
 
 		 635 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20900  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  29.67 
 
 		 397 aa  101  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.191388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4523  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.32 
 
 		 646 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16940  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  29.06 
 
 		 583 aa  100  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213421  normal  0.332319 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0141  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  32.78 
 
 		 621 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.645753  normal  0.973594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3485  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.15 
 
 		 643 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.035122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2095  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.94 
 
 		 641 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2084  selenocysteine-specific translation elongation factor  25.84 
 
 		 635 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2713  translation elongation factor Tu  28.23 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000152961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>