More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0072 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0072  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  100 
 
 
420 aa  858    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0803  protein synthesis factor GTP-binding protein  54.7 
 
 
408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0523  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.99 
 
 
410 aa  443  1e-123  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0287  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.74 
 
 
426 aa  436  1e-121  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2861  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.87 
 
 
411 aa  435  1e-121  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00223054  normal  0.810551 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0382  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.74 
 
 
410 aa  436  1e-121  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0455  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.5 
 
 
410 aa  437  1e-121  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1319  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  51.6 
 
 
409 aa  435  1e-121  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.472649  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0605  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  51.86 
 
 
411 aa  434  1e-120  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0660  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  52.11 
 
 
411 aa  432  1e-120  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1464  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  49.75 
 
 
410 aa  434  1e-120  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0246  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.5 
 
 
410 aa  432  1e-120  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2240  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.25 
 
 
411 aa  434  1e-120  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0563  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  51.31 
 
 
423 aa  433  1e-120  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0247  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  52.37 
 
 
403 aa  429  1e-119  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1389  protein synthesis factor GTP-binding protein  50.37 
 
 
415 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2243  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  51.84 
 
 
415 aa  413  1e-114  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.241915  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1486  protein synthesis factor GTP-binding protein  51.98 
 
 
409 aa  409  1e-113  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.848382  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2398  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.5 
 
 
412 aa  409  1e-113  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2278  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  50.99 
 
 
408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3452  protein synthesis factor GTP-binding protein  51.49 
 
 
410 aa  404  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2209  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  48.76 
 
 
411 aa  389  1e-107  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.211822  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0730  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  49.5 
 
 
410 aa  377  1e-103  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01480  eukaryotic translation initiation factor 2 gamma, putative  43.56 
 
 
473 aa  345  1e-93  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83918  predicted protein  42.45 
 
 
522 aa  343  2.9999999999999997e-93  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.652137  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32338  predicted protein  42.59 
 
 
463 aa  338  9.999999999999999e-92  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.207682  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04470  hypothetical protein similar to translation initiation factor 2 gamma subunit (Broad)  42.17 
 
 
514 aa  335  5.999999999999999e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.972287  normal  0.290291 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1531  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  41.56 
 
 
408 aa  326  6e-88  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_42307  predicted protein  41.75 
 
 
453 aa  315  9.999999999999999e-85  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000154334  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1171  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  41.27 
 
 
411 aa  311  1e-83  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.568284  normal  0.119689 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0242  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  40.05 
 
 
408 aa  311  1e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0078  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  39.7 
 
 
411 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0695482  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1010  translation initiation factor IF-2 subunit gamma  38.86 
 
 
411 aa  299  8e-80  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.000495902 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3173  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32 
 
 
644 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0769  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.84 
 
 
629 aa  133  6e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.709604  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2506  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.41 
 
 
650 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25300  selenocysteine-specific elongation factor SelB  29.75 
 
 
641 aa  128  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1094  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.83 
 
 
635 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1123  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.56 
 
 
627 aa  127  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0762  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.46 
 
 
634 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.97012  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2019  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.41 
 
 
634 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0284313  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3922  elongation factor Tu  29.75 
 
 
397 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2185  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.26 
 
 
635 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.573253  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2503  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  33.33 
 
 
634 aa  123  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00650537  normal  0.143065 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3466  translation elongation factor Tu  31.17 
 
 
396 aa  122  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0246546  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1982  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.77 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.869997  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1385  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.21 
 
 
619 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0306  elongation factor Tu  30 
 
 
396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0293  elongation factor Tu  30 
 
 
396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.197505  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl621  elongation factor Tu  28.8 
 
 
394 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3415  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.65 
 
 
636 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3803  translation elongation factor Tu  31.1 
 
 
396 aa  119  7.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.875507  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01084  hypothetical protein similar to elongation factor EF-Tu (Broad)  31.66 
 
 
439 aa  119  9e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1936  elongation factor Tu  29.72 
 
 
395 aa  119  9e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5075  elongation factor Tu  30.79 
 
 
396 aa  119  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.602594  normal  0.915347 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0319  elongation factor Tu  28.54 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000467982  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0520  elongation factor Tu  33.33 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.611126  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0335  elongation factor Tu  28.54 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000334885  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20900  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  30.21 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.191388  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0154  elongation factor Tu  30.05 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1647  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.33 
 
 
644 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00236334  hitchhiker  0.000000010303 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1856  elongation factor Tu  28.54 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000358768  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1870  elongation factor Tu  28.54 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000816391  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1465  elongation factor Tu  33.33 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.00000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2441  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.67 
 
 
642 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0499  elongation factor Tu  33.33 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240706  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0318  elongation factor Tu  30.26 
 
 
400 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000823048  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03960  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  31.06 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0034  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.13 
 
 
636 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0102  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.25 
 
 
636 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1810  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  33.6 
 
 
627 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0555  elongation factor Tu  32.61 
 
 
391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0578  elongation factor Tu  32.61 
 
 
391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1282  elongation factor Tu  30.79 
 
 
396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0674069  normal  0.99115 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0653  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.72 
 
 
636 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0190681  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0872  elongation factor Tu  30.86 
 
 
396 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0860  elongation factor Tu  30.86 
 
 
396 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.412967  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2776  translation elongation factor Tu  28.08 
 
 
397 aa  117  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.105082  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0832  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.66 
 
 
637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3567  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.33 
 
 
636 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0987  elongation factor Tu  31.17 
 
 
396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_65888  mitochondrial translation elongation factor TU  29.89 
 
 
430 aa  117  3.9999999999999997e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.77122  normal  0.500519 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5122  translation elongation factor Tu  29.89 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.821409 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1015  elongation factor Tu  31.17 
 
 
396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.345465 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1005  elongation factor Tu  31.17 
 
 
396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2086  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.47 
 
 
657 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0347898  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2183  translation elongation factor Tu  30.79 
 
 
396 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.557033  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2171  translation elongation factor Tu  30.79 
 
 
396 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal  0.373473 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0164  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.6 
 
 
636 aa  117  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4484  translation elongation factor Tu  31.45 
 
 
395 aa  116  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000251988  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4628  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.53 
 
 
628 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.889697 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11400  selenocysteine-specific elongation factor SelB  26.4 
 
 
657 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5216  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.71 
 
 
565 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5304  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.71 
 
 
565 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0320  elongation factor Tu  28.57 
 
 
399 aa  116  8.999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.716365  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0440  elongation factor Tu  32.95 
 
 
399 aa  116  8.999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000285931  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1059  elongation factor Tu  28.34 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0877336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2374  elongation factor Tu  28.34 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1119  translation elongation factor Tu  29.48 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5596  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.3 
 
 
570 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.436165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>