189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1497 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  99.57 
 
 		 234 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  98.29 
 
 		 234 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  94.02 
 
 		 234 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 234 aa  359  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  65.75 
 
 		 241 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  65.75 
 
 		 241 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  65.11 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  60.59 
 
 		 237 aa  274  9e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16550  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 237 aa  245  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  58.33 
 
 		 237 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1720  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768968 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1681  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296499  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1138  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2383  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360847 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1507  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 220 aa  99.4  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2264  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 230 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0218044  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  43.27 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  38.79 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 203 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 203 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 203 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  36.14 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  39.6 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1558  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6891  transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 166 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13083  DeoR family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22570  hypothetical protein  40.62 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.487793  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 215 aa  55.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  35.42 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 197 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4528  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 172 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 187 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 428 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 182 aa  53.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 415 aa  53.1  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 221 aa  53.1  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 202 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10790  hypothetical protein  48 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  41.38 
 
 		 189 aa  52.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 203 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 203 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 203 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3847  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252303  normal  0.0620213 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 199 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7184  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 190 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0448262 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0532  transcriptional regulator, TetR family  52.08 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0875801  normal  0.0277044 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 185 aa  52  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 187 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4097  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 194 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.813466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 186 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2560  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391327  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3555  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 429 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3610  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3979  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2126  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 204 aa  49.7  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 181 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3213  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 195 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000469892  normal  0.140374 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 230 aa  49.3  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2004  regulatory protein TetR  48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.84069  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0594  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 208 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0096  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 186 aa  49.3  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 192 aa  49.3  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3625  putative transcriptional regulator, TetR family  52.38 
 
 		 203 aa  48.9  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.679664  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0836  regulatory protein TetR  41.67 
 
 		 197 aa  49.3  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 424 aa  48.9  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3878  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0129032  normal  0.838393 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 188 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 240 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 208 aa  48.5  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0140  transcriptional regulator, TetR family  51.16 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2098  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0785695  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  46.94 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.173305 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 224 aa  47.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>