140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3369 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  71.73 
 
 		 237 aa  326  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  71.3 
 
 		 234 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16550  TetR family transcriptional regulator  70.97 
 
 		 237 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  70.05 
 
 		 237 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  68.02 
 
 		 234 aa  291  9e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  65.11 
 
 		 238 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 234 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 234 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  62.84 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  62.39 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2383  TetR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1720  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768968 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1681  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 225 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296499  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1138  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  129  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1507  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2264  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0218044  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  44.3 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  33.13 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1558  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 199 aa  62  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13083  DeoR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6891  transcriptional regulator, TetR family  56 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.84 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  37.84 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2560  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391327  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 182 aa  58.2  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10790  hypothetical protein  54 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0836  regulatory protein TetR  32.52 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7184  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0448262 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07310  hypothetical protein  45.16 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608576  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3847  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252303  normal  0.0620213 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19140  hypothetical protein  30 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125477  normal  0.347466 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3555  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 428 aa  55.1  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 193 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  47.46 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 166 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4528  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 172 aa  53.9  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4097  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.813466 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 197 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 415 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22570  hypothetical protein  37.5 
 
 		 193 aa  52.4  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.487793  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 429 aa  52.4  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 240 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 187 aa  52  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 221 aa  50.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3610  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0532  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0875801  normal  0.0277044 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4477  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 208 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47529  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3625  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 203 aa  49.7  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.679664  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 181 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 199 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 202 aa  48.9  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 208 aa  48.5  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 181 aa  48.5  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3240  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 209 aa  48.5  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  25 
 
 		 186 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0594  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 208 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 208 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 192 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 187 aa  47.4  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0140  transcriptional regulator, TetR family  51.16 
 
 		 192 aa  47  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 185 aa  47  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 188 aa  46.6  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3979  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 203 aa  46.6  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  26.83 
 
 		 203 aa  46.6  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  46.2  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 424 aa  46.2  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 224 aa  46.2  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4791  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 200 aa  45.8  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.131161 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2126  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 204 aa  45.4  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3239  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 200 aa  45.4  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.845515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>