106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2383 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2383  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  447  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1681  TetR family transcriptional regulator  59.01 
 
 		 225 aa  274  9e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296499  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 225 aa  272  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1720  TetR family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 221 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1507  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 220 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  40.59 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  39.69 
 
 		 241 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16550  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  39.18 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 238 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  39.7 
 
 		 237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1138  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2264  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0218044  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  47.95 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0836  regulatory protein TetR  50 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6891  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2560  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391327  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10790  hypothetical protein  49.15 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.72 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13083  DeoR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  30.72 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07310  hypothetical protein  40.24 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608576  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3625  putative transcriptional regulator, TetR family  55.81 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.679664  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  32.61 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  43.55 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 197 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 166 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  27.53 
 
 		 192 aa  52.8  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 187 aa  52  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3555  transcriptional regulator, TetR family  32.9 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0532  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0875801  normal  0.0277044 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 428 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2126  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3979  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 415 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3073  transcriptional regulator, TetR family  54.35 
 
 		 208 aa  48.5  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.542296  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2880  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2617  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2968  transcriptional regulator, TetR family  52.17 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1558  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0096  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 186 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4304  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 187 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.498529  normal  0.0930958 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19140  hypothetical protein  29.07 
 
 		 188 aa  45.8  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125477  normal  0.347466 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0650  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 202 aa  45.8  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22570  hypothetical protein  35.59 
 
 		 193 aa  45.4  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.487793  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5798  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.03173  normal  0.214913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 228 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 199 aa  43.9  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 204 aa  44.3  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38050  hypothetical protein  52.63 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2006  regulatory protein TetR  42.59 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4097  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 194 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.813466 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 187 aa  43.5  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  24.82 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2375  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90143  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7555  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 414 aa  42.7  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.947596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7184  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0448262 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4528  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 172 aa  42.4  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 424 aa  42.4  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 429 aa  42.4  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3847  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 196 aa  42  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252303  normal  0.0620213 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>