99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0288 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  100 
 
 		 343 aa  704    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  40.84 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  38.99 
 
 		 333 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  38.44 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  35.58 
 
 		 344 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  34.23 
 
 		 347 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  37.12 
 
 		 349 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  33.13 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  36.19 
 
 		 336 aa  186  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  33.54 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  32.05 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  29.81 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  31.03 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  32.05 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  32.18 
 
 		 330 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  32.8 
 
 		 378 aa  160  4e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  32.73 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  32.15 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  30.45 
 
 		 328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  32.19 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  28.66 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  31.7 
 
 		 329 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  29.73 
 
 		 301 aa  137  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  28.08 
 
 		 338 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  28.39 
 
 		 339 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  24.7 
 
 		 363 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  26.79 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  40.5 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  24.21 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  24.21 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  24.21 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  46.24 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  48.24 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  40.31 
 
 		 185 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  51.32 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  50 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  23.1 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  51.32 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  51.32 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  23.23 
 
 		 372 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.15 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.77 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.91 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  22.45 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.98 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.45 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  25.15 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.09 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.38 
 
 		 321 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  21.31 
 
 		 359 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.53 
 
 		 333 aa  53.9  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.04 
 
 		 327 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.66 
 
 		 325 aa  53.1  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.28 
 
 		 336 aa  52.4  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.36 
 
 		 324 aa  51.2  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.5 
 
 		 327 aa  50.8  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  22.03 
 
 		 313 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.29 
 
 		 336 aa  49.3  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.18 
 
 		 317 aa  49.3  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  24.43 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.46 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  22.05 
 
 		 326 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.59 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  20 
 
 		 339 aa  48.5  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  21.91 
 
 		 330 aa  48.1  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  25.16 
 
 		 326 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 388 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  18.31 
 
 		 351 aa  47.8  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.94 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.07 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  21.62 
 
 		 330 aa  47.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.36 
 
 		 320 aa  47  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.37 
 
 		 316 aa  46.6  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  25.58 
 
 		 327 aa  46.6  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2910  transcriptional regulator  22.78 
 
 		 359 aa  46.6  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.246584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.58 
 
 		 321 aa  46.2  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  21.88 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.1 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.1 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  18.48 
 
 		 327 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  21.14 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  21.79 
 
 		 326 aa  44.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  21.66 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  21.48 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.49 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.32 
 
 		 226 aa  45.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  22.47 
 
 		 334 aa  44.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  21.43 
 
 		 330 aa  43.9  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  20.47 
 
 		 349 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.23 
 
 		 324 aa  43.5  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.1 
 
 		 323 aa  42.7  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.06 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.52 
 
 		 324 aa  42.7  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 333 aa  42.7  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  32.35 
 
 		 326 aa  42.4  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.72 
 
 		 334 aa  42.7  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>