More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3402 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
323 aa  628  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  75.47 
 
 
322 aa  458  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  76.01 
 
 
324 aa  456  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  75.93 
 
 
324 aa  444  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  70.4 
 
 
321 aa  412  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  69.57 
 
 
323 aa  410  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  66.46 
 
 
344 aa  349  5e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.55 
 
 
328 aa  208  1e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.9 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.57 
 
 
318 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.89 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.09 
 
 
321 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.05 
 
 
324 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  39.16 
 
 
327 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.2 
 
 
324 aa  159  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.5 
 
 
321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.14 
 
 
328 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.32 
 
 
325 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.72 
 
 
326 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  38.79 
 
 
327 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.74 
 
 
328 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  36.17 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  32.62 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.83 
 
 
327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.65 
 
 
320 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.44 
 
 
332 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.53 
 
 
321 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.21 
 
 
320 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 
388 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.34 
 
 
324 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 
339 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 
330 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.83 
 
 
323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.4 
 
 
317 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 
321 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.95 
 
 
366 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.85 
 
 
313 aa  119  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.96 
 
 
335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.67 
 
 
327 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.33 
 
 
316 aa  100  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  26.77 
 
 
304 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 
303 aa  89  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.17 
 
 
314 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.45 
 
 
313 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.46 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.77 
 
 
314 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  33.51 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  25.38 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.31 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.31 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 
313 aa  79  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.86 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.48 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.68 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.24 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.62 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  22.32 
 
 
320 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.48 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  22.67 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.91 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  22.67 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.44 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.23 
 
 
237 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.89 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.98 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  22.32 
 
 
320 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.75 
 
 
319 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.49 
 
 
233 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.45 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.45 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  30.18 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.26 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.81 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.78 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
231 aa  69.3  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.7 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.36 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.12 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.97 
 
 
230 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.2 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.02 
 
 
232 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.32 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.94 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  34.83 
 
 
132 aa  67.4  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.35 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.19 
 
 
230 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  31.33 
 
 
306 aa  67  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.53 
 
 
233 aa  66.6  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.26 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.36 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.94 
 
 
326 aa  66.2  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.66 
 
 
312 aa  65.9  0.0000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  27.84 
 
 
330 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  31.17 
 
 
231 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>