More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3694 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 321 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  67.4 
 
 		 324 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  58.57 
 
 		 327 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.01 
 
 		 321 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  52.65 
 
 		 328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  55.59 
 
 		 326 aa  329  4e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  50.62 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  43.99 
 
 		 388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.63 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.35 
 
 		 332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.84 
 
 		 339 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.56 
 
 		 325 aa  261  8e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.89 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  41.36 
 
 		 326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.25 
 
 		 317 aa  239  5e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  41.12 
 
 		 323 aa  233  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.34 
 
 		 366 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.1 
 
 		 327 aa  225  9e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.73 
 
 		 330 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 318 aa  216  5.9999999999999996e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.05 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.01 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.98 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.82 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.31 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  36.39 
 
 		 324 aa  152  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.47 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.86 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.46 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.47 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.28 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.78 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.42 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.15 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.89 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.36 
 
 		 321 aa  116  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.02 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.48 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.05 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.1 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.79 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.83 
 
 		 299 aa  106  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.31 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.48 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  28 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.71 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.1 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.6 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  25.99 
 
 		 317 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.56 
 
 		 317 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  24.7 
 
 		 311 aa  99  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.31 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  26.25 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.38 
 
 		 322 aa  97.1  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.93 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.86 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  25.86 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  25.39 
 
 		 348 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.78 
 
 		 321 aa  95.9  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  26.58 
 
 		 317 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.38 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.82 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.91 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  36.32 
 
 		 230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  36.32 
 
 		 230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.98 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.08 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  26.17 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  36.32 
 
 		 230 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.22 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 		 220 aa  92  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  39.36 
 
 		 208 aa  90.1  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  31.25 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.94 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 231 aa  87.8  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.58 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.99 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.39 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.07 
 
 		 230 aa  86.3  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 		 230 aa  85.9  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.97 
 
 		 235 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.85 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.55 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.95 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.11 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.29 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.56 
 
 		 232 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 230 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.67 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  30.09 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25.11 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>