28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2026 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  100 
 
 		 180 aa  362  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  88.2 
 
 		 184 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  85.71 
 
 		 187 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  76.54 
 
 		 180 aa  278  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  43.48 
 
 		 185 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  47.09 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  45.93 
 
 		 201 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  45.93 
 
 		 209 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  43.59 
 
 		 343 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  50 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  35.87 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 347 aa  61.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  37.8 
 
 		 332 aa  61.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  30.94 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  42.42 
 
 		 349 aa  57.8  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  40.3 
 
 		 336 aa  57  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  34.57 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  34.78 
 
 		 333 aa  54.7  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 334 aa  52.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  36.11 
 
 		 344 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  35.38 
 
 		 378 aa  51.6  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  35.38 
 
 		 383 aa  51.2  0.000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  37.01 
 
 		 355 aa  49.3  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  31.08 
 
 		 335 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  27.4 
 
 		 335 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  34.29 
 
 		 346 aa  45.1  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  37.8 
 
 		 352 aa  42.7  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  26.67 
 
 		 328 aa  40.8  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>