33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0198 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  100 
 
 		 187 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  94.59 
 
 		 209 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  94.59 
 
 		 201 aa  351  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  82.7 
 
 		 185 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  44.83 
 
 		 180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  45.61 
 
 		 184 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  47.09 
 
 		 180 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  43.68 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  53.57 
 
 		 343 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  51.32 
 
 		 343 aa  77.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  34.95 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  38.1 
 
 		 347 aa  62  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  40.28 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  38.37 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  44.93 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  35.58 
 
 		 332 aa  58.2  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  36.25 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  36.25 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  37.14 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  43.08 
 
 		 329 aa  55.1  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  42.25 
 
 		 378 aa  53.9  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  42.25 
 
 		 383 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  42.86 
 
 		 333 aa  52.8  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  40.68 
 
 		 349 aa  52.8  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  46.48 
 
 		 355 aa  52.4  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  38.24 
 
 		 338 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  40.85 
 
 		 336 aa  50.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  37.33 
 
 		 326 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  41.89 
 
 		 352 aa  50.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1321  arginine repressor, ArgR  35.06 
 
 		 152 aa  42.7  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0991989 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  28.38 
 
 		 328 aa  42  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  34.25 
 
 		 301 aa  41.2  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2095  arginine repressor, ArgR  32.47 
 
 		 152 aa  41.2  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.573855  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>