85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_6052 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  100 
 
 		 338 aa  681    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  50 
 
 		 352 aa  322  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  37.58 
 
 		 331 aa  199  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  37.58 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  36.13 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  33.86 
 
 		 335 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  33.76 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  35.69 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  35.99 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  33.43 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  32.34 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  30.5 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  30.94 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  28.79 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  30.4 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  30 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  29.97 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  32.28 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  29.08 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  28.66 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  27.59 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  28.75 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  28.71 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  28.21 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  28.33 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 		 339 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  26.22 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  26.22 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  25.8 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  26.41 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.38 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  23.53 
 
 		 363 aa  65.9  0.0000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.42 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  23.81 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.15 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  45.45 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.23 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  21.9 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  25.63 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  38.52 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  42.17 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  42.17 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.13 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.59 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  28.25 
 
 		 349 aa  56.2  0.0000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  23.56 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.46 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.9 
 
 		 347 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 314 aa  52.8  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.05 
 
 		 327 aa  52.8  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.76 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.01 
 
 		 321 aa  51.2  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  21.86 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  24.29 
 
 		 326 aa  50.8  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  21.17 
 
 		 351 aa  49.7  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.8 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.45 
 
 		 333 aa  48.9  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.91 
 
 		 344 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  25.25 
 
 		 326 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  27.37 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  23.7 
 
 		 330 aa  47.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 317 aa  47.8  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.62 
 
 		 336 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.67 
 
 		 322 aa  47.4  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 369 aa  47.4  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  29.3 
 
 		 331 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23 
 
 		 351 aa  47  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  22.35 
 
 		 351 aa  47  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  33.09 
 
 		 187 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  25.77 
 
 		 325 aa  46.2  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.69 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.86 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  32.09 
 
 		 184 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.29 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.69 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  27.13 
 
 		 351 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.05 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  22.92 
 
 		 320 aa  43.9  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.33 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  25.86 
 
 		 329 aa  43.5  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  26.52 
 
 		 313 aa  43.5  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  23.87 
 
 		 324 aa  43.1  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.19 
 
 		 316 aa  43.5  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  21.55 
 
 		 317 aa  42.7  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  21.11 
 
 		 323 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>