More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3494 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 344 aa  650    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  64.71 
 
 		 324 aa  362  4e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  64.6 
 
 		 322 aa  358  7e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  65.94 
 
 		 324 aa  354  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  67.08 
 
 		 323 aa  347  2e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.06 
 
 		 321 aa  322  7e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.75 
 
 		 323 aa  316  4e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.71 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.93 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.17 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.89 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.43 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  39.64 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.36 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.67 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.33 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  38.74 
 
 		 326 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.33 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  34.7 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.31 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  35.53 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.42 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.91 
 
 		 323 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.54 
 
 		 324 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  37.62 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.34 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.31 
 
 		 325 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.8 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.13 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.94 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 		 320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.3 
 
 		 339 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.85 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.91 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.62 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.51 
 
 		 330 aa  105  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.12 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  30.86 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.31 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.43 
 
 		 316 aa  92.8  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  26.41 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.57 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.12 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.93 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.62 
 
 		 336 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.42 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.19 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.43 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.81 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.29 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.16 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.02 
 
 		 237 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  42.22 
 
 		 208 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.01 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.43 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.33 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.25 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.16 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.43 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.43 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.61 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  22.7 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.4 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.4 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  24.46 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.44 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.67 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.19 
 
 		 232 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  23.21 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.72 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.09 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.44 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.14 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  22.39 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  33.47 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.91 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  22.09 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.77 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  22.09 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  22.39 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  34.65 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 132 aa  72  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.39 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  21.79 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  33.2 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.6 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.88 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  25.57 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.43 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  32.02 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.91 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.06 
 
 		 229 aa  69.3  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>