294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1647 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 366 aa  696    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  66.67 
 
 		 388 aa  431  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  54.9 
 
 		 326 aa  334  1e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  53.39 
 
 		 327 aa  305  6e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.3 
 
 		 328 aa  302  8.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.72 
 
 		 325 aa  286  5e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.32 
 
 		 321 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.07 
 
 		 324 aa  279  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  47.63 
 
 		 327 aa  272  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.97 
 
 		 339 aa  266  4e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.14 
 
 		 321 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.74 
 
 		 320 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.55 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.07 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  41.29 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.73 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.96 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.73 
 
 		 323 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.9 
 
 		 317 aa  220  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.81 
 
 		 318 aa  218  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  42.15 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.49 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.01 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.01 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.39 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.68 
 
 		 324 aa  161  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.39 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.34 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.5 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.08 
 
 		 328 aa  139  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.9 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.44 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.52 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.7 
 
 		 335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.24 
 
 		 321 aa  126  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.16 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.26 
 
 		 303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.17 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.92 
 
 		 344 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.68 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  28.02 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.32 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.02 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.01 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.95 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.76 
 
 		 314 aa  90.5  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.12 
 
 		 318 aa  90.5  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  24.09 
 
 		 317 aa  90.5  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  24.09 
 
 		 317 aa  90.5  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.09 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  24.58 
 
 		 317 aa  88.6  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.73 
 
 		 317 aa  88.2  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  22.95 
 
 		 317 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.79 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.64 
 
 		 220 aa  88.6  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  22.95 
 
 		 317 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  24.09 
 
 		 317 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.26 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.89 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.86 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  45.31 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  23.53 
 
 		 348 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.22 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.95 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.17 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.29 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.27 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  22.76 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  23.43 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  34.41 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.36 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.23 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  24.31 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.66 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.76 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.81 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  35.08 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.8 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.55 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.89 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  23.23 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  23.23 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.67 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.1 
 
 		 309 aa  72.4  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.05 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  20.38 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.95 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.67 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.13 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  26.9 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.72 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.65 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>