More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0683 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
321 aa  629  1e-179  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  78.68 
 
 
323 aa  464  9.999999999999999e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  70.4 
 
 
323 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  64.69 
 
 
322 aa  375  1e-103  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  63.75 
 
 
324 aa  367  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  62.81 
 
 
324 aa  348  6e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.44 
 
 
344 aa  299  5e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.3 
 
 
328 aa  202  6e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.87 
 
 
303 aa  189  5e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
321 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  40.42 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  37.97 
 
 
323 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.12 
 
 
318 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.28 
 
 
321 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.99 
 
 
327 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.74 
 
 
324 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  33.43 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.16 
 
 
324 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.09 
 
 
328 aa  146  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.67 
 
 
321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.72 
 
 
328 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 
388 aa  142  8e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  34.76 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
314 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.45 
 
 
324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.32 
 
 
325 aa  132  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.91 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.31 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.27 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.48 
 
 
320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.71 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
330 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.18 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.05 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.11 
 
 
339 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.91 
 
 
323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.53 
 
 
327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.91 
 
 
335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.94 
 
 
366 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.26 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.21 
 
 
313 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.57 
 
 
313 aa  89.7  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.26 
 
 
336 aa  89.4  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.57 
 
 
313 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.57 
 
 
313 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.62 
 
 
229 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.57 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.51 
 
 
311 aa  84  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.82 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.23 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.4 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  44.25 
 
 
208 aa  79  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.65 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.18 
 
 
237 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.16 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.4 
 
 
302 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.53 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25.48 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  25.48 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
318 aa  75.9  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.34 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.19 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.08 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.98 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.78 
 
 
320 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25 
 
 
320 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.59 
 
 
322 aa  74.3  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25.11 
 
 
304 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  35.48 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  30.97 
 
 
316 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  35.48 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  35.48 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.71 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  22.77 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  23.08 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.13 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.46 
 
 
231 aa  72.4  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24 
 
 
320 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
314 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.1 
 
 
233 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  22.46 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.23 
 
 
322 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.25 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.51 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.46 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.21 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.4 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  21.56 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  21.56 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.3 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  31.4 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  34 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.93 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  30.49 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.23 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>