More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_2874 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
322 aa  671    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.29 
 
 
309 aa  162  6e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  31.12 
 
 
304 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  30.58 
 
 
311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.44 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.27 
 
 
313 aa  136  4e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.68 
 
 
299 aa  135  8e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.53 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.74 
 
 
303 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.91 
 
 
301 aa  123  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  56.6 
 
 
132 aa  123  5e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  27.63 
 
 
306 aa  122  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.12 
 
 
302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  33.95 
 
 
230 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.95 
 
 
230 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2934  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.49 
 
 
230 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.334283 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.88 
 
 
232 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
231 aa  96.3  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.33 
 
 
320 aa  95.5  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.41 
 
 
313 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  27.44 
 
 
229 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.76 
 
 
313 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.76 
 
 
313 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.84 
 
 
230 aa  89.7  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.75 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  27.09 
 
 
230 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.24 
 
 
235 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.19 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
232 aa  86.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.02 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.63 
 
 
324 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.73 
 
 
324 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  30.73 
 
 
238 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.35 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.06 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.57 
 
 
324 aa  82.4  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.12 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.2 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.91 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.91 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.91 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.91 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.13 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  27.49 
 
 
230 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  27.86 
 
 
237 aa  78.6  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.15 
 
 
317 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  25.62 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.23 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.84 
 
 
177 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.94 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  26.46 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.46 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.59 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  26.36 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  26.44 
 
 
230 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  27.4 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  27.4 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  27.01 
 
 
235 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.27 
 
 
319 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  25.35 
 
 
226 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.49 
 
 
229 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  26.83 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
225 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 
232 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.1 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.91 
 
 
227 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.78 
 
 
317 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  25.11 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
318 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  24.78 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.78 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
332 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.32 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.44 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  28.36 
 
 
252 aa  73.6  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.89 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.89 
 
 
233 aa  73.2  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.84 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.83 
 
 
316 aa  72.4  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
234 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.43 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.72 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.64 
 
 
230 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.02 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.95 
 
 
335 aa  69.7  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.37 
 
 
324 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.19 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.13 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.51 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.47 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>