More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2857 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
326 aa  642    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  72.46 
 
 
333 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  67.72 
 
 
321 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.17 
 
 
328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.05 
 
 
265 aa  214  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.73 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 
317 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.78 
 
 
316 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.26 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.98 
 
 
324 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.72 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.76 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.23 
 
 
320 aa  125  7e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.26 
 
 
317 aa  122  9e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.52 
 
 
337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  28.62 
 
 
317 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.62 
 
 
317 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.46 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  28.71 
 
 
323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.36 
 
 
335 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
360 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.11 
 
 
327 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.44 
 
 
324 aa  106  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.87 
 
 
334 aa  106  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 
327 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.8 
 
 
324 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
318 aa  102  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.07 
 
 
319 aa  102  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 
332 aa  101  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
318 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.16 
 
 
320 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.85 
 
 
322 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 
317 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.06 
 
 
339 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
333 aa  99.4  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.73 
 
 
337 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.82 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.79 
 
 
336 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.61 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.03 
 
 
327 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.57 
 
 
317 aa  96.7  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.57 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.11 
 
 
317 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  33.64 
 
 
238 aa  94.7  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.71 
 
 
339 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 
332 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.91 
 
 
317 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  25 
 
 
317 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.93 
 
 
320 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.17 
 
 
334 aa  94  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.91 
 
 
317 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.49 
 
 
332 aa  94  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.07 
 
 
339 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  27.6 
 
 
348 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.75 
 
 
325 aa  93.2  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  27.93 
 
 
320 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
317 aa  92.8  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.13 
 
 
313 aa  92.8  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.24 
 
 
325 aa  92.4  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  28.38 
 
 
320 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  25.91 
 
 
317 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.81 
 
 
320 aa  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.48 
 
 
320 aa  90.1  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  27.48 
 
 
320 aa  90.1  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.45 
 
 
317 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  25.45 
 
 
317 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.76 
 
 
334 aa  90.1  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
314 aa  90.1  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  25.45 
 
 
317 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.21 
 
 
328 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.88 
 
 
329 aa  89.4  7e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
231 aa  89.4  8e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
313 aa  89.4  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
319 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.07 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.05 
 
 
333 aa  87.8  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
324 aa  87.4  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.64 
 
 
324 aa  86.7  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.16 
 
 
320 aa  86.3  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 
320 aa  85.9  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.92 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  33.64 
 
 
323 aa  84  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  31.41 
 
 
327 aa  83.6  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.06 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.61 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  27.23 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.71 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 
388 aa  82.8  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.37 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 
326 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.05 
 
 
325 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.37 
 
 
232 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.85 
 
 
232 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
337 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.75 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.51 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.69 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>