More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0343 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 339 aa  643    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.22 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.17 
 
 		 335 aa  255  6e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  46.77 
 
 		 332 aa  255  7e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 360 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.51 
 
 		 316 aa  239  5e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 333 aa  239  5.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.91 
 
 		 327 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.57 
 
 		 327 aa  225  6e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 318 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.83 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.55 
 
 		 317 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.94 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.72 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.08 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  42.24 
 
 		 317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.24 
 
 		 317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.2 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.89 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.01 
 
 		 327 aa  215  7e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.2 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 332 aa  209  8e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.45 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.67 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.96 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.89 
 
 		 329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.4 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.83 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.83 
 
 		 335 aa  192  5e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.38 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.52 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  45.72 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.8 
 
 		 318 aa  182  9.000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.26 
 
 		 324 aa  182  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.82 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.62 
 
 		 327 aa  180  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.12 
 
 		 336 aa  178  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.46 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.01 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.84 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.27 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.46 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.12 
 
 		 326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.06 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.85 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.96 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  43.4 
 
 		 238 aa  142  8e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.23 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.65 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.53 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.83 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.27 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.3 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.86 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.28 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  35.49 
 
 		 323 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.1 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.45 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  33.92 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.33 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.05 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.23 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  35.22 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.86 
 
 		 228 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  38.53 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.64 
 
 		 231 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.94 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.89 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.56 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  36.49 
 
 		 252 aa  89.4  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.09 
 
 		 231 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.41 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.63 
 
 		 237 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.82 
 
 		 245 aa  88.6  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  31.65 
 
 		 313 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.39 
 
 		 235 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.08 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.76 
 
 		 237 aa  86.7  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.39 
 
 		 235 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  32.27 
 
 		 228 aa  86.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  32.27 
 
 		 228 aa  86.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.82 
 
 		 328 aa  85.9  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.77 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.99 
 
 		 227 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.88 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.26 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.63 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.79 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  35.55 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.04 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>