More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0463 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
334 aa  649    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  61.61 
 
 
329 aa  355  5e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  60.19 
 
 
325 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  59.26 
 
 
337 aa  326  3e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  60.12 
 
 
314 aa  314  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.99 
 
 
334 aa  301  8.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  55.7 
 
 
327 aa  300  2e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.44 
 
 
327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  53.99 
 
 
326 aa  257  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  43.04 
 
 
317 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  45 
 
 
319 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.99 
 
 
318 aa  227  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.09 
 
 
324 aa  223  4e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.04 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.2 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  43.58 
 
 
332 aa  220  3e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.48 
 
 
327 aa  220  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  45.78 
 
 
318 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
333 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.04 
 
 
317 aa  208  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.87 
 
 
313 aa  208  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.72 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.9 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.64 
 
 
327 aa  206  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
322 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
360 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.34 
 
 
319 aa  202  7e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  39.7 
 
 
317 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.7 
 
 
317 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.7 
 
 
317 aa  198  9e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.07 
 
 
317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.35 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  43.03 
 
 
318 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.27 
 
 
335 aa  194  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.91 
 
 
318 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.44 
 
 
320 aa  191  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.35 
 
 
317 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.27 
 
 
336 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.67 
 
 
335 aa  186  6e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.36 
 
 
327 aa  186  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.7 
 
 
325 aa  186  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.9 
 
 
332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.69 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.3 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.54 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.61 
 
 
337 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.55 
 
 
322 aa  176  6e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.93 
 
 
316 aa  175  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.55 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.3 
 
 
332 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.99 
 
 
336 aa  162  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.04 
 
 
322 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.32 
 
 
320 aa  149  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.63 
 
 
339 aa  136  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.43 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  33.44 
 
 
322 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 
238 aa  115  8.999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.06 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.71 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.12 
 
 
323 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.87 
 
 
326 aa  106  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.77 
 
 
333 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.99 
 
 
339 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.78 
 
 
337 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.09 
 
 
316 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.44 
 
 
319 aa  100  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.41 
 
 
317 aa  97.4  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.54 
 
 
324 aa  96.3  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.91 
 
 
323 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.7 
 
 
324 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.25 
 
 
333 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  32.03 
 
 
230 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  32.03 
 
 
230 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.03 
 
 
230 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.13 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
231 aa  88.2  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  33.96 
 
 
228 aa  87.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.96 
 
 
328 aa  87.8  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.94 
 
 
242 aa  87  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.31 
 
 
336 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.67 
 
 
229 aa  86.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.57 
 
 
242 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.17 
 
 
232 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.13 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.96 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.41 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.32 
 
 
232 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.56 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  21.21 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  22.49 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  22.49 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.45 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  30.43 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.87 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  21.95 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  21.95 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  21.95 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.7 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>