More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2888 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
317 aa  604  9.999999999999999e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.52 
 
 
317 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  49.68 
 
 
322 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  44.19 
 
 
317 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.19 
 
 
317 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  46.69 
 
 
318 aa  233  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.85 
 
 
317 aa  230  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.59 
 
 
319 aa  225  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.41 
 
 
324 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  44.59 
 
 
332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  45.25 
 
 
317 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.99 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.74 
 
 
318 aa  212  7.999999999999999e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.08 
 
 
313 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.95 
 
 
327 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.1 
 
 
317 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.72 
 
 
335 aa  204  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.01 
 
 
332 aa  203  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.63 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.95 
 
 
327 aa  199  5e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.38 
 
 
318 aa  197  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.17 
 
 
324 aa  196  5.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.96 
 
 
337 aa  190  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.21 
 
 
327 aa  189  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
322 aa  188  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
318 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.35 
 
 
317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
333 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.72 
 
 
325 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 
332 aa  177  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.82 
 
 
320 aa  176  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.67 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.95 
 
 
339 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
360 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.12 
 
 
320 aa  169  5e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.51 
 
 
320 aa  169  5e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.21 
 
 
313 aa  169  6e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.17 
 
 
336 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.21 
 
 
335 aa  167  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.72 
 
 
320 aa  165  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.41 
 
 
316 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.48 
 
 
325 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.64 
 
 
314 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.45 
 
 
324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.28 
 
 
334 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.99 
 
 
322 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
337 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.69 
 
 
334 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.42 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  36.69 
 
 
322 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  37.59 
 
 
327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.95 
 
 
327 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.87 
 
 
320 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.25 
 
 
339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.59 
 
 
318 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.76 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.07 
 
 
326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  41.46 
 
 
238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.18 
 
 
337 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.26 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.98 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.55 
 
 
332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 
319 aa  109  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  29.75 
 
 
316 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.22 
 
 
321 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.25 
 
 
333 aa  103  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.25 
 
 
333 aa  99.8  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.94 
 
 
336 aa  97.1  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.37 
 
 
339 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.8 
 
 
323 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.84 
 
 
228 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.84 
 
 
228 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.91 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.85 
 
 
313 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.78 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.75 
 
 
237 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  35.84 
 
 
228 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.84 
 
 
228 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.84 
 
 
228 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.93 
 
 
302 aa  89.4  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  35.4 
 
 
228 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.67 
 
 
323 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.2 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.4 
 
 
242 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.25 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.25 
 
 
313 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.4 
 
 
242 aa  87  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 
230 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.18 
 
 
230 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 
230 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.94 
 
 
313 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.82 
 
 
232 aa  85.9  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.14 
 
 
230 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 
232 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31 
 
 
229 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  30.45 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.66 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>