More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1359 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
322 aa  628  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  45.49 
 
 
317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.49 
 
 
317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.49 
 
 
317 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.68 
 
 
317 aa  209  7e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.56 
 
 
319 aa  208  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
319 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.32 
 
 
327 aa  188  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
322 aa  186  6e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.41 
 
 
324 aa  185  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  38.96 
 
 
332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
317 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.11 
 
 
327 aa  182  7e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.98 
 
 
318 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.85 
 
 
313 aa  179  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.85 
 
 
317 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
318 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
318 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  44.29 
 
 
322 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  42.48 
 
 
322 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.26 
 
 
335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.49 
 
 
317 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.48 
 
 
332 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.28 
 
 
327 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.21 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.8 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
333 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.93 
 
 
320 aa  162  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.68 
 
 
324 aa  161  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.62 
 
 
313 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.57 
 
 
337 aa  156  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
360 aa  155  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.55 
 
 
318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.16 
 
 
335 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.54 
 
 
320 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
320 aa  149  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.3 
 
 
339 aa  149  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.17 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.52 
 
 
336 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.68 
 
 
324 aa  143  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.02 
 
 
339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.6 
 
 
329 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.33 
 
 
325 aa  140  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.85 
 
 
320 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.55 
 
 
320 aa  139  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.89 
 
 
334 aa  135  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.28 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  32.64 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.58 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.21 
 
 
326 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  37.62 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.11 
 
 
327 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.32 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.52 
 
 
318 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.06 
 
 
319 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.95 
 
 
332 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
324 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 
333 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.74 
 
 
337 aa  96.7  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.11 
 
 
321 aa  95.9  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.48 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.37 
 
 
228 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.98 
 
 
237 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.37 
 
 
232 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.85 
 
 
232 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.15 
 
 
229 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  32.47 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  32.35 
 
 
232 aa  86.3  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.29 
 
 
232 aa  85.9  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.96 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  32.35 
 
 
230 aa  84  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  32.35 
 
 
230 aa  84  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.3 
 
 
245 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.52 
 
 
339 aa  83.2  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.35 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
231 aa  82.8  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.5 
 
 
333 aa  79.7  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.55 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.65 
 
 
230 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.65 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.65 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.65 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.72 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.44 
 
 
235 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.66 
 
 
228 aa  77  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.28 
 
 
227 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.3 
 
 
298 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  31.97 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.81 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.33 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.33 
 
 
317 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.56 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.81 
 
 
228 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  28.89 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>