More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1998 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
334 aa  651    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  71.66 
 
 
337 aa  418  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  67.49 
 
 
314 aa  369  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  64.76 
 
 
327 aa  348  7e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  61.77 
 
 
327 aa  343  2e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.24 
 
 
325 aa  323  2e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  60.46 
 
 
326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.95 
 
 
329 aa  302  7.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.7 
 
 
334 aa  300  2e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.3 
 
 
324 aa  235  8e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.43 
 
 
327 aa  233  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  45.48 
 
 
317 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  45 
 
 
332 aa  227  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  45.65 
 
 
319 aa  225  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.91 
 
 
318 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.79 
 
 
324 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.98 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.9 
 
 
320 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.6 
 
 
320 aa  216  4e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.94 
 
 
313 aa  216  5.9999999999999996e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.16 
 
 
335 aa  210  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  42.24 
 
 
318 aa  210  3e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
360 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.68 
 
 
320 aa  206  5e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  44.38 
 
 
333 aa  206  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40 
 
 
336 aa  206  6e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.19 
 
 
335 aa  204  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.36 
 
 
327 aa  204  1e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.64 
 
 
317 aa  205  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  43.98 
 
 
318 aa  203  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.34 
 
 
327 aa  203  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.85 
 
 
332 aa  202  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.98 
 
 
317 aa  202  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.03 
 
 
324 aa  200  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  44.04 
 
 
322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.14 
 
 
332 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.32 
 
 
317 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  39.01 
 
 
317 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.01 
 
 
317 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.34 
 
 
336 aa  190  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.96 
 
 
319 aa  189  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.75 
 
 
316 aa  189  8e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.36 
 
 
317 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.42 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.56 
 
 
318 aa  179  7e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.33 
 
 
339 aa  177  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.91 
 
 
325 aa  177  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
334 aa  169  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.74 
 
 
320 aa  168  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.17 
 
 
322 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.41 
 
 
320 aa  162  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
332 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.74 
 
 
337 aa  156  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.27 
 
 
322 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  39.24 
 
 
238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.36 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.42 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  33.76 
 
 
322 aa  119  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.13 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.37 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.3 
 
 
333 aa  106  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.84 
 
 
316 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  36.67 
 
 
323 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.24 
 
 
337 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.62 
 
 
321 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.33 
 
 
323 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.35 
 
 
228 aa  102  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  31.43 
 
 
333 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.34 
 
 
229 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.3 
 
 
228 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.34 
 
 
232 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.06 
 
 
336 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.34 
 
 
232 aa  99.8  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.34 
 
 
232 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.48 
 
 
230 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
232 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.48 
 
 
230 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.91 
 
 
230 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.48 
 
 
230 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.58 
 
 
324 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.67 
 
 
339 aa  96.7  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.81 
 
 
324 aa  96.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.99 
 
 
235 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
231 aa  93.6  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.02 
 
 
225 aa  93.6  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32 
 
 
315 aa  92.8  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  31.06 
 
 
226 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.9 
 
 
242 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.29 
 
 
326 aa  92.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
230 aa  92  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 
237 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  26.29 
 
 
317 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.21 
 
 
237 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.63 
 
 
328 aa  89.4  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.6 
 
 
237 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
237 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.31 
 
 
328 aa  89.4  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.82 
 
 
317 aa  89.4  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>