More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2870 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
326 aa  624  1e-178  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  64.56 
 
 
337 aa  369  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  68.27 
 
 
314 aa  357  9.999999999999999e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.82 
 
 
334 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  59.93 
 
 
327 aa  326  3e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  65.35 
 
 
327 aa  323  4e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.2 
 
 
325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  53.82 
 
 
334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  53.47 
 
 
329 aa  280  2e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  45.85 
 
 
332 aa  238  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  47.56 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  48.76 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  47 
 
 
318 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.91 
 
 
318 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.71 
 
 
333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.2 
 
 
327 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.39 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.91 
 
 
322 aa  219  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.39 
 
 
317 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  45.43 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.43 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.11 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.55 
 
 
313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.51 
 
 
319 aa  210  3e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.15 
 
 
324 aa  209  5e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.37 
 
 
327 aa  208  9e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.08 
 
 
335 aa  207  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
360 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.2 
 
 
317 aa  206  6e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.62 
 
 
336 aa  205  8e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 
327 aa  202  7e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.94 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.93 
 
 
316 aa  200  3e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.99 
 
 
320 aa  196  7e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.91 
 
 
324 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
332 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
335 aa  189  7e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.37 
 
 
339 aa  188  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.58 
 
 
334 aa  186  6e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.2 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.48 
 
 
332 aa  183  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.64 
 
 
337 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.05 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.75 
 
 
320 aa  177  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.49 
 
 
322 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.97 
 
 
317 aa  176  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.34 
 
 
336 aa  172  6.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.79 
 
 
318 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.76 
 
 
320 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.15 
 
 
325 aa  159  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.85 
 
 
320 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.92 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.06 
 
 
339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  40.09 
 
 
238 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  38.78 
 
 
322 aa  129  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.2 
 
 
317 aa  129  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  37.85 
 
 
318 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
319 aa  109  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.5 
 
 
321 aa  106  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  37.96 
 
 
316 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.09 
 
 
333 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.74 
 
 
337 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  38.07 
 
 
323 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  39.05 
 
 
323 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.85 
 
 
333 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.38 
 
 
339 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.65 
 
 
317 aa  92.8  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  33.48 
 
 
235 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.93 
 
 
326 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.07 
 
 
318 aa  90.1  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 
324 aa  90.5  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 
229 aa  89.4  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.03 
 
 
321 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.94 
 
 
302 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.22 
 
 
230 aa  87  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.61 
 
 
309 aa  87  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  33.33 
 
 
244 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
232 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.28 
 
 
228 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
232 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
232 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.73 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.28 
 
 
232 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  30.04 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
324 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.19 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.48 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
230 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  26.61 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  26.61 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  26.94 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
237 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  31.28 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.94 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>