More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2906 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
334 aa  652    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  48.73 
 
 
333 aa  245  6e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.88 
 
 
324 aa  236  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  47.48 
 
 
318 aa  236  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  48.01 
 
 
322 aa  235  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.86 
 
 
322 aa  235  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.14 
 
 
327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  46.54 
 
 
332 aa  233  3e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.3 
 
 
317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.03 
 
 
327 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
317 aa  220  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.57 
 
 
313 aa  219  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.74 
 
 
318 aa  215  8e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.81 
 
 
317 aa  215  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.27 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.33 
 
 
332 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
360 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.3 
 
 
316 aa  209  5e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
318 aa  209  7e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  40.95 
 
 
317 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.95 
 
 
317 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
319 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.08 
 
 
320 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.46 
 
 
317 aa  203  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
332 aa  199  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.81 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.12 
 
 
329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.82 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.44 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.24 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.96 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.27 
 
 
336 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.7 
 
 
320 aa  197  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.18 
 
 
324 aa  192  8e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.61 
 
 
339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.61 
 
 
313 aa  188  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.21 
 
 
320 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.85 
 
 
320 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.24 
 
 
335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.12 
 
 
322 aa  182  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.76 
 
 
322 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.41 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.91 
 
 
325 aa  179  4e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
337 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.29 
 
 
320 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  41.41 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.55 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.03 
 
 
314 aa  173  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.62 
 
 
334 aa  170  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.38 
 
 
326 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.77 
 
 
327 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.67 
 
 
339 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  42.22 
 
 
238 aa  150  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.73 
 
 
317 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.23 
 
 
339 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.31 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.84 
 
 
321 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.56 
 
 
318 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.97 
 
 
319 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.14 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  34.13 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.79 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  39.71 
 
 
323 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 
321 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  36.02 
 
 
316 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.43 
 
 
333 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  37.14 
 
 
323 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.41 
 
 
317 aa  95.1  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.55 
 
 
228 aa  93.6  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.44 
 
 
228 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.54 
 
 
228 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.13 
 
 
230 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.58 
 
 
316 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.13 
 
 
230 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  34.13 
 
 
230 aa  90.5  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.76 
 
 
326 aa  89.4  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.66 
 
 
232 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.66 
 
 
230 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.04 
 
 
336 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  36.32 
 
 
232 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.66 
 
 
232 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  37.09 
 
 
245 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.88 
 
 
229 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.66 
 
 
232 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.25 
 
 
229 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  35.68 
 
 
228 aa  86.7  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  35.68 
 
 
228 aa  86.7  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 
232 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.95 
 
 
227 aa  86.7  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.92 
 
 
328 aa  86.7  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.7 
 
 
309 aa  86.3  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  35.58 
 
 
228 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.58 
 
 
228 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.96 
 
 
242 aa  86.3  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  36.06 
 
 
228 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.58 
 
 
228 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 
237 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.19 
 
 
237 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>