More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4041 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 316 aa  618  1e-176  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.41 
 
 		 335 aa  333  2e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  59.75 
 
 		 360 aa  323  2e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  55.56 
 
 		 327 aa  316  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  56.73 
 
 		 318 aa  315  6e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  55.34 
 
 		 332 aa  311  1e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.71 
 
 		 317 aa  300  3e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 333 aa  296  3e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.8 
 
 		 327 aa  261  8.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.84 
 
 		 318 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.28 
 
 		 317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.39 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  46.65 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.65 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 322 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 322 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.69 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.41 
 
 		 319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.51 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.72 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.45 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 319 aa  228  9e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.92 
 
 		 317 aa  225  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.9 
 
 		 324 aa  223  4e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  48 
 
 		 332 aa  222  4.9999999999999996e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.95 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.72 
 
 		 322 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.84 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.67 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.37 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.84 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.24 
 
 		 329 aa  206  6e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.1 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.84 
 
 		 336 aa  202  7e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.04 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 337 aa  199  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.8 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.18 
 
 		 324 aa  197  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.77 
 
 		 320 aa  195  9e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.61 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.02 
 
 		 327 aa  185  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.6 
 
 		 325 aa  185  9e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.69 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.55 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.01 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.51 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  41.22 
 
 		 327 aa  176  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.93 
 
 		 326 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.09 
 
 		 334 aa  172  7.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.52 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  44.71 
 
 		 238 aa  150  3e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  36.79 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  38.31 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.2 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.3 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.62 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.91 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.96 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.84 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.94 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  36.33 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.28 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.79 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.74 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  33.33 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  34.1 
 
 		 228 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.69 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  36.57 
 
 		 252 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.43 
 
 		 232 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.65 
 
 		 230 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.43 
 
 		 232 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.58 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  36.63 
 
 		 237 aa  99.8  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.34 
 
 		 324 aa  99.4  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 230 aa  99.4  8e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.18 
 
 		 237 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.36 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.44 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  32.87 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.47 
 
 		 231 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.84 
 
 		 242 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.7 
 
 		 229 aa  96.7  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.62 
 
 		 228 aa  96.7  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 229 aa  95.9  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.03 
 
 		 230 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.47 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 234 aa  94  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.24 
 
 		 230 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.36 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.92 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.46 
 
 		 237 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.46 
 
 		 237 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  30.2 
 
 		 238 aa  90.9  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.02 
 
 		 237 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  33.33 
 
 		 232 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 227 aa  90.1  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>