More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1789 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
333 aa  645    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.72 
 
 
337 aa  269  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.05 
 
 
339 aa  257  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.22 
 
 
321 aa  186  6e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  37.3 
 
 
318 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.38 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.95 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
333 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  36.09 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  36.33 
 
 
323 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.73 
 
 
324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.94 
 
 
327 aa  145  8.000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
319 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.27 
 
 
317 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.58 
 
 
320 aa  142  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  37.27 
 
 
317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.27 
 
 
317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.73 
 
 
318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.86 
 
 
324 aa  139  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.44 
 
 
319 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.73 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
318 aa  135  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.67 
 
 
313 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.49 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 
317 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 
332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.14 
 
 
324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
317 aa  125  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.46 
 
 
337 aa  125  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.95 
 
 
329 aa  125  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.46 
 
 
335 aa  125  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
319 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.6 
 
 
317 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.75 
 
 
328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.05 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.9 
 
 
325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.94 
 
 
332 aa  119  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  38.1 
 
 
238 aa  119  9.999999999999999e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.58 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.51 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
332 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.5 
 
 
334 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
360 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.89 
 
 
320 aa  116  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
337 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.98 
 
 
335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.81 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.48 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  37.84 
 
 
327 aa  112  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.22 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.58 
 
 
322 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.25 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.75 
 
 
313 aa  109  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.5 
 
 
320 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.19 
 
 
327 aa  106  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.43 
 
 
320 aa  106  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.27 
 
 
316 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.62 
 
 
327 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.53 
 
 
333 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.12 
 
 
326 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 
324 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.39 
 
 
230 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.28 
 
 
336 aa  96.3  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.58 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.9 
 
 
229 aa  94.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.32 
 
 
317 aa  94  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  26.54 
 
 
317 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.83 
 
 
313 aa  92  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.06 
 
 
328 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  26.54 
 
 
348 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  26.07 
 
 
317 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.84 
 
 
317 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.07 
 
 
317 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  26.07 
 
 
317 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.65 
 
 
228 aa  90.5  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.98 
 
 
317 aa  90.1  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.62 
 
 
317 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  25.36 
 
 
317 aa  89.4  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.19 
 
 
336 aa  89.7  7e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  24.32 
 
 
320 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.53 
 
 
230 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  33.2 
 
 
326 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 
232 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 
326 aa  88.2  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.14 
 
 
231 aa  87.8  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 
232 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.26 
 
 
228 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.32 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  24.88 
 
 
317 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 
232 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 
232 aa  87  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.11 
 
 
320 aa  86.7  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.11 
 
 
320 aa  86.7  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.22 
 
 
324 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>