More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2064 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 337 aa  649    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  85.33 
 
 		 332 aa  513  1e-144  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  52.53 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.96 
 
 		 317 aa  278  9e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  51.27 
 
 		 317 aa  276  5e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  50.32 
 
 		 317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.32 
 
 		 317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.5 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.91 
 
 		 327 aa  229  5e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.98 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.13 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.71 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.01 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 317 aa  220  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 319 aa  219  7.999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.02 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.1 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.87 
 
 		 327 aa  215  9e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.48 
 
 		 324 aa  215  9.999999999999999e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 322 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.71 
 
 		 339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.76 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.02 
 
 		 316 aa  212  7.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.48 
 
 		 335 aa  209  4e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 360 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  43.48 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.59 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.67 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.07 
 
 		 329 aa  197  3e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.24 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.7 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.41 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.33 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.53 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.87 
 
 		 336 aa  189  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.44 
 
 		 320 aa  186  7e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.21 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.33 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.47 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.25 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.68 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.77 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  39.33 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.64 
 
 		 334 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 337 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.1 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.31 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.76 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.32 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  37.62 
 
 		 318 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  43.35 
 
 		 238 aa  136  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.15 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.86 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  35.16 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.55 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.82 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.23 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.25 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.86 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.85 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.4 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  24.92 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.08 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.08 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  24.37 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  24.37 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.95 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  24.44 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.08 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.37 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.71 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  23.89 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.34 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.91 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.88 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.21 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.32 
 
 		 316 aa  90.5  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  34.05 
 
 		 333 aa  89.7  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.62 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.51 
 
 		 231 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.7 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  28.21 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.57 
 
 		 228 aa  86.3  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  28.12 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.98 
 
 		 229 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  27.35 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.1 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.71 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  27.1 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.73 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  31.78 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.14 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>