More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_45460 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  628  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  82.41 
 
 
323 aa  494  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  54.34 
 
 
316 aa  308  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.71 
 
 
317 aa  268  8e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.84 
 
 
319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  43.23 
 
 
318 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.51 
 
 
321 aa  219  7e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.15 
 
 
324 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.98 
 
 
337 aa  179  4.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
318 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.98 
 
 
313 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.17 
 
 
318 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.18 
 
 
333 aa  149  7e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.81 
 
 
327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.07 
 
 
339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
318 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.11 
 
 
321 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
360 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.51 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.57 
 
 
316 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 
328 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.67 
 
 
316 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.56 
 
 
317 aa  137  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.05 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.11 
 
 
333 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  35.74 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.74 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 
332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.23 
 
 
327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.69 
 
 
317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.15 
 
 
332 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.62 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.11 
 
 
317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.68 
 
 
320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.11 
 
 
313 aa  125  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.89 
 
 
324 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.78 
 
 
320 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.48 
 
 
302 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.12 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  35.98 
 
 
238 aa  120  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.05 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  31.02 
 
 
320 aa  116  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.99 
 
 
327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  31.02 
 
 
320 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  36.56 
 
 
228 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.89 
 
 
336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  31.48 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  31.48 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.49 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.16 
 
 
336 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
322 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  32.03 
 
 
313 aa  113  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.6 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  32.9 
 
 
313 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  37.1 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  32.47 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  32.03 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.78 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.21 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.73 
 
 
335 aa  110  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.13 
 
 
237 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.77 
 
 
318 aa  110  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 
325 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
322 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.89 
 
 
328 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  36.63 
 
 
237 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.95 
 
 
339 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
332 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.74 
 
 
324 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  30.13 
 
 
320 aa  106  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.22 
 
 
329 aa  105  8e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.91 
 
 
233 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
314 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.22 
 
 
322 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 
233 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.12 
 
 
324 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  33.77 
 
 
233 aa  103  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.08 
 
 
242 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.51 
 
 
324 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.21 
 
 
242 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  35.64 
 
 
230 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.91 
 
 
321 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.75 
 
 
229 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 
230 aa  102  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
337 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.93 
 
 
324 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.22 
 
 
330 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 
230 aa  100  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
334 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.84 
 
 
321 aa  99.8  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.67 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  33.62 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.49 
 
 
321 aa  99  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.87 
 
 
337 aa  99  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.92 
 
 
320 aa  99  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.65 
 
 
230 aa  99  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>