More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4054 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
324 aa  630  1e-180  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.32 
 
 
321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.69 
 
 
321 aa  186  6e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.95 
 
 
328 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  41.72 
 
 
324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.66 
 
 
324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
318 aa  165  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.46 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.61 
 
 
324 aa  164  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.63 
 
 
313 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.23 
 
 
303 aa  162  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37 
 
 
328 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  35.91 
 
 
327 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  39.27 
 
 
327 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.26 
 
 
321 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
322 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.56 
 
 
320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.51 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
314 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.78 
 
 
321 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.3 
 
 
323 aa  150  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.31 
 
 
321 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.46 
 
 
335 aa  149  8e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.41 
 
 
325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.33 
 
 
323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.69 
 
 
321 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.71 
 
 
327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  36.86 
 
 
326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.28 
 
 
327 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.15 
 
 
320 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
328 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.89 
 
 
344 aa  139  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.58 
 
 
339 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  33.54 
 
 
326 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.1 
 
 
317 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.37 
 
 
332 aa  136  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.36 
 
 
330 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  33.07 
 
 
388 aa  114  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.26 
 
 
317 aa  112  9e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  26.81 
 
 
311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.37 
 
 
299 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24 
 
 
309 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.68 
 
 
322 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  37.14 
 
 
316 aa  106  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  26.61 
 
 
301 aa  105  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.99 
 
 
302 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  37.38 
 
 
323 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.98 
 
 
366 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  38.04 
 
 
323 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.76 
 
 
317 aa  99  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  22.6 
 
 
304 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.15 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  25.15 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
316 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  25.15 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  25.15 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.15 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.14 
 
 
321 aa  95.9  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.55 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  24.85 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  37.26 
 
 
230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  37.26 
 
 
230 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.6 
 
 
303 aa  94.4  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
231 aa  93.6  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  36.2 
 
 
230 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.55 
 
 
317 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  24.85 
 
 
348 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 
298 aa  92.4  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.75 
 
 
302 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.57 
 
 
319 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.34 
 
 
313 aa  89.4  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.43 
 
 
233 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.7 
 
 
316 aa  89  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.46 
 
 
307 aa  89  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.5 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.3 
 
 
314 aa  87  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.5 
 
 
232 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.16 
 
 
324 aa  87  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.09 
 
 
313 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 
324 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.92 
 
 
319 aa  85.9  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.51 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  31.76 
 
 
232 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.51 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.8 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.66 
 
 
336 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.88 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
360 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.18 
 
 
230 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.7 
 
 
339 aa  82  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  22.6 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.46 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  35.1 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.6 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.65 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.54 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  27.54 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>