More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1962 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 330 aa  638    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  51.22 
 
 		 323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  50.46 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.4 
 
 		 327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.17 
 
 		 328 aa  232  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.03 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.91 
 
 		 325 aa  230  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.52 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.48 
 
 		 332 aa  228  9e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.21 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.25 
 
 		 324 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  44.67 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  43.29 
 
 		 327 aa  222  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  41.87 
 
 		 388 aa  222  9e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.27 
 
 		 327 aa  219  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.93 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.77 
 
 		 323 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.48 
 
 		 318 aa  202  9e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.17 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  38.77 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.54 
 
 		 366 aa  196  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.08 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.87 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.69 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.87 
 
 		 320 aa  155  7e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.44 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.26 
 
 		 322 aa  145  9e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.48 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.74 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.6 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.05 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.93 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.56 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.74 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.44 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.87 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.05 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.25 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.61 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.98 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.56 
 
 		 323 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.7 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.49 
 
 		 318 aa  92.8  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  34.91 
 
 		 323 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.84 
 
 		 344 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.6 
 
 		 316 aa  89.7  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.1 
 
 		 320 aa  89.4  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.58 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.24 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 231 aa  86.7  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 230 aa  85.9  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.18 
 
 		 230 aa  85.9  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  33.19 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.57 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.66 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.26 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.55 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.24 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  23.24 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.35 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  23.24 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  34.2 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.09 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.26 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.28 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  22.26 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.65 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.86 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  23.55 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  23.55 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  22.94 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.61 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.24 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.55 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  22.09 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  22.85 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.03 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  28.78 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  21.24 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.61 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  33.01 
 
 		 233 aa  75.9  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.02 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  33.01 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.55 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.01 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.24 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  31.38 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.99 
 
 		 327 aa  72.8  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.45 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.3 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.85 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>