More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0249 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
324 aa  640    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  64.65 
 
 
322 aa  378  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  57.59 
 
 
313 aa  345  6e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  58.68 
 
 
319 aa  331  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  55.38 
 
 
317 aa  330  2e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  54.06 
 
 
318 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  53.16 
 
 
317 aa  319  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  54.86 
 
 
322 aa  319  5e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  52.53 
 
 
317 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  52.53 
 
 
317 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  51.74 
 
 
317 aa  309  4e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.52 
 
 
317 aa  305  7e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.34 
 
 
327 aa  302  6.000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.26 
 
 
318 aa  301  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.79 
 
 
319 aa  299  4e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.29 
 
 
327 aa  295  6e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.16 
 
 
332 aa  292  4e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  50.47 
 
 
333 aa  288  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.83 
 
 
324 aa  285  5.999999999999999e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.74 
 
 
320 aa  268  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  46.58 
 
 
332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.68 
 
 
320 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  51.1 
 
 
320 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.35 
 
 
327 aa  256  4e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.96 
 
 
318 aa  256  5e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  48.5 
 
 
360 aa  255  6e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  48.6 
 
 
332 aa  255  6e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.98 
 
 
324 aa  255  6e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.91 
 
 
317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.15 
 
 
336 aa  249  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.16 
 
 
337 aa  245  6.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.23 
 
 
316 aa  245  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.99 
 
 
335 aa  243  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.78 
 
 
329 aa  241  1e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.42 
 
 
320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  47.32 
 
 
337 aa  232  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.82 
 
 
334 aa  231  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.54 
 
 
335 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.38 
 
 
314 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.7 
 
 
325 aa  223  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.05 
 
 
327 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.25 
 
 
334 aa  222  6e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.55 
 
 
334 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.81 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.34 
 
 
339 aa  216  5e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.87 
 
 
313 aa  216  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  42.91 
 
 
327 aa  204  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.56 
 
 
317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.43 
 
 
322 aa  199  6e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.82 
 
 
322 aa  196  6e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.03 
 
 
326 aa  191  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.2 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.8 
 
 
339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  36.57 
 
 
322 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  44.09 
 
 
238 aa  151  1e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  37.12 
 
 
318 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.49 
 
 
316 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.56 
 
 
324 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.85 
 
 
319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.42 
 
 
339 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.1 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.06 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.83 
 
 
337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.12 
 
 
317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.54 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.29 
 
 
321 aa  119  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.6 
 
 
336 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.18 
 
 
321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.02 
 
 
323 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.12 
 
 
326 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.49 
 
 
229 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.81 
 
 
333 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  36.15 
 
 
237 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.53 
 
 
232 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  33.18 
 
 
228 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
231 aa  98.2  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.26 
 
 
228 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  31.31 
 
 
230 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.51 
 
 
229 aa  95.9  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.96 
 
 
324 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 
232 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 
230 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.13 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.5 
 
 
237 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.18 
 
 
230 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 
232 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 
234 aa  93.6  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 
232 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.71 
 
 
230 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  32.71 
 
 
226 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.78 
 
 
230 aa  92.8  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.09 
 
 
231 aa  92.8  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 
233 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.97 
 
 
336 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.87 
 
 
242 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.13 
 
 
242 aa  91.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.98 
 
 
230 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  32.38 
 
 
233 aa  90.9  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.96 
 
 
235 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>