More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_36430 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
323 aa  620  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  48.45 
 
 
326 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.1 
 
 
330 aa  257  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.83 
 
 
327 aa  255  9e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.12 
 
 
321 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.28 
 
 
320 aa  231  9e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.96 
 
 
332 aa  226  3e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.02 
 
 
324 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.98 
 
 
327 aa  224  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.45 
 
 
339 aa  224  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.12 
 
 
328 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.25 
 
 
325 aa  223  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  42.64 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.31 
 
 
321 aa  216  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  41.31 
 
 
388 aa  215  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.92 
 
 
328 aa  212  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.27 
 
 
321 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.13 
 
 
317 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  42.99 
 
 
327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  37.93 
 
 
326 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.99 
 
 
318 aa  189  5e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.15 
 
 
323 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.15 
 
 
320 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.39 
 
 
366 aa  175  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.44 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.06 
 
 
328 aa  168  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
321 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.18 
 
 
335 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.09 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.14 
 
 
322 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 
321 aa  146  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  36.25 
 
 
324 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.97 
 
 
321 aa  142  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.31 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.06 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.54 
 
 
324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.12 
 
 
324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.94 
 
 
336 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.35 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.47 
 
 
301 aa  110  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.51 
 
 
313 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.24 
 
 
313 aa  105  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.24 
 
 
313 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.24 
 
 
313 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.62 
 
 
344 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  37.1 
 
 
323 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.7 
 
 
317 aa  99.8  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.97 
 
 
314 aa  99.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.33 
 
 
316 aa  99.4  7e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  35.04 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.88 
 
 
299 aa  94  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.46 
 
 
319 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.47 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  35.44 
 
 
333 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.7 
 
 
324 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.84 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
230 aa  85.5  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.07 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.59 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.24 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.73 
 
 
319 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.75 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.02 
 
 
317 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.32 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  24.92 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  25.47 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.44 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.08 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.61 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  25.08 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  24.32 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.99 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  32.89 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.94 
 
 
298 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.6 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.12 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.12 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.26 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.1 
 
 
337 aa  79.3  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  24.61 
 
 
317 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  22.81 
 
 
231 aa  79  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  28.26 
 
 
229 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.63 
 
 
322 aa  78.2  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.85 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.19 
 
 
230 aa  77.4  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.88 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.33 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  35.1 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  35.1 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.92 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  35.1 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.87 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  34.44 
 
 
237 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.25 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.12 
 
 
237 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  34.23 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>