More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1092 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 315 aa  655    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  51.31 
 
 		 319 aa  313  2.9999999999999996e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.77 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.35 
 
 		 315 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.19 
 
 		 316 aa  197  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 		 324 aa  196  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.77 
 
 		 235 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 231 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  39.73 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.76 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.11 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 230 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  33.23 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.77 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 233 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  35.56 
 
 		 233 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 233 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  33.23 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  32.6 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.57 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  34.91 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 234 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.53 
 
 		 240 aa  130  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.84 
 
 		 232 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.94 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.84 
 
 		 232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.51 
 
 		 232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0009  transcriptional regulator, putative  57.01 
 
 		 111 aa  127  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.227571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  30.94 
 
 		 232 aa  126  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.64 
 
 		 231 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  35.29 
 
 		 228 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.49 
 
 		 242 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  32.59 
 
 		 230 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.44 
 
 		 230 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  32.59 
 
 		 230 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.4 
 
 		 228 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.28 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  33.05 
 
 		 230 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  32.75 
 
 		 226 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.67 
 
 		 229 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.98 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.98 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.98 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.91 
 
 		 229 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.66 
 
 		 225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.04 
 
 		 237 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.04 
 
 		 237 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 234 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.04 
 
 		 237 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  31.86 
 
 		 231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  32.84 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  32.89 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.72 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.23 
 
 		 246 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  34.8 
 
 		 238 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  31.75 
 
 		 246 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.17 
 
 		 226 aa  109  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  32.09 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  31.63 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  30.91 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  30.91 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  30.91 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  32.09 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  30.91 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  30.91 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  30.91 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.12 
 
 		 231 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.67 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.78 
 
 		 230 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 228 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 		 367 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 		 228 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 229 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  31.05 
 
 		 228 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.78 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 		 228 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  31.73 
 
 		 244 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  30.7 
 
 		 230 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  31.63 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  31.63 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.52 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  33.62 
 
 		 231 aa  102  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  29.8 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.22 
 
 		 230 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.76 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.05 
 
 		 228 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.13 
 
 		 229 aa  99.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  30.22 
 
 		 229 aa  99.8  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.68 
 
 		 228 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.68 
 
 		 228 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  32.37 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  23.03 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.46 
 
 		 229 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.68 
 
 		 228 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>