More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2755 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 336 aa  669    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.69 
 
 		 316 aa  210  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.7 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  35.13 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.08 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  33.23 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  33.23 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.85 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.43 
 
 		 319 aa  168  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.76 
 
 		 315 aa  159  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.62 
 
 		 235 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.94 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.65 
 
 		 230 aa  136  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.34 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.44 
 
 		 230 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  32.57 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  37.04 
 
 		 229 aa  133  6e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  35.96 
 
 		 228 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  37.99 
 
 		 234 aa  129  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 231 aa  127  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  28.67 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.77 
 
 		 321 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.01 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.95 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  32.74 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.39 
 
 		 231 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  34.5 
 
 		 230 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.5 
 
 		 230 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.5 
 
 		 230 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  32.94 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.92 
 
 		 229 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  30.37 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  29.75 
 
 		 334 aa  119  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 231 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.69 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.03 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.66 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.23 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.75 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 		 232 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  32.04 
 
 		 326 aa  112  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.9 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  27.27 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.82 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.49 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 		 232 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  36.73 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  35.37 
 
 		 234 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.47 
 
 		 229 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.03 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.74 
 
 		 232 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.88 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.03 
 
 		 228 aa  109  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.55 
 
 		 321 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 229 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.58 
 
 		 237 aa  108  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  27.54 
 
 		 330 aa  108  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.97 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.89 
 
 		 324 aa  108  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.77 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.79 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.91 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  34.47 
 
 		 230 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  31.55 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.19 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.36 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.96 
 
 		 230 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.43 
 
 		 228 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  34.91 
 
 		 228 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.43 
 
 		 228 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.91 
 
 		 228 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  28.99 
 
 		 232 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.95 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  33.54 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 		 232 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 		 232 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 		 232 aa  105  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  35.78 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  34.43 
 
 		 228 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.42 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29 
 
 		 229 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.22 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.97 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.61 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.72 
 
 		 229 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  30.1 
 
 		 326 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  28.26 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  30.77 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  30.77 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  29.08 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.82 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.25 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>