More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2698 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 323 aa  652    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  83.02 
 
 		 321 aa  551  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  61.13 
 
 		 326 aa  398  9.999999999999999e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  61.49 
 
 		 322 aa  396  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  41.77 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  42.86 
 
 		 332 aa  225  8e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.7 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  37.57 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  33.23 
 
 		 349 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  40.27 
 
 		 342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  38.71 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  36.58 
 
 		 1078 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.88 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.88 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  31.82 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  31.91 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.56 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  32.15 
 
 		 334 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  33.88 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3359  hypothetical protein  33.33 
 
 		 334 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.737744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.27 
 
 		 352 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  35.76 
 
 		 1084 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.11 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.1 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1228  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.44 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.671066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.45 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  31.46 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.81 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  27.44 
 
 		 351 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  28.37 
 
 		 324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.06 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.94 
 
 		 350 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  27.83 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.69 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.01 
 
 		 351 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.38 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  25.78 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.45 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.56 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.8 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.22 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  25.86 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  28.48 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  26.28 
 
 		 339 aa  102  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.45 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.33 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.14 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.97 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.09 
 
 		 334 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.65 
 
 		 324 aa  86.3  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.81 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.15 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.42 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  25.25 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.71 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.08 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.41 
 
 		 232 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.33 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.91 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.69 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  28.94 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.2 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.72 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  31.06 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.37 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  27 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.62 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.46 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.36 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.05 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  29.68 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  27.37 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.77 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  28.64 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.23 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.68 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  27.83 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.46 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.22 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.62 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  27.63 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0351  hypothetical protein  27.33 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.46 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  24.22 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.62 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>