170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1300 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  667    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.99 
 
 		 351 aa  110  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.7 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  27.61 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.85 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.84 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.75 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.44 
 
 		 333 aa  96.3  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.36 
 
 		 330 aa  93.6  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 336 aa  92.8  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  26.71 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  25.62 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  26.03 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.31 
 
 		 349 aa  86.7  6e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.63 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  24.77 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.6 
 
 		 334 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.47 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  25.67 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.53 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.59 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  25.62 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.44 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  26.64 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  25.58 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.33 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.96 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  24.5 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.24 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  30.92 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.61 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  28.09 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.94 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.93 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  27.81 
 
 		 1084 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  28.49 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  24.29 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.16 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  20.94 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.57 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.07 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.13 
 
 		 352 aa  62.8  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.55 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  23.6 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  22.89 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.22 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  23.3 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  34.48 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  26.32 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  23.6 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  23.7 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  24.07 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  24.3 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  24.77 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  21.1 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  26.15 
 
 		 323 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.39 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.28 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  31.4 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 322 aa  55.8  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  27.51 
 
 		 351 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  22.13 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  24.11 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  28.72 
 
 		 340 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  33.78 
 
 		 904 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.19 
 
 		 302 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.14 
 
 		 317 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.74 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  25.28 
 
 		 335 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3444  hypothetical protein  25.17 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.36 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  26.02 
 
 		 327 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 313 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  24.23 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.93 
 
 		 322 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  27.88 
 
 		 369 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.11 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  20.19 
 
 		 663 aa  53.5  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  28.02 
 
 		 367 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  21.63 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  25.21 
 
 		 687 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.14 
 
 		 237 aa  53.5  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  24.37 
 
 		 326 aa  53.5  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.75 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.21 
 
 		 320 aa  53.5  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.32 
 
 		 330 aa  53.5  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  27.4 
 
 		 364 aa  53.1  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  23.77 
 
 		 318 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.7 
 
 		 319 aa  52.8  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  19.75 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  20.81 
 
 		 663 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>