More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04135 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  651    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  85.98 
 
 		 323 aa  567  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  69.57 
 
 		 322 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  69.57 
 
 		 322 aa  459  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  45.96 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  41.43 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  42.12 
 
 		 326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.82 
 
 		 319 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.88 
 
 		 330 aa  222  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  33.01 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  32.91 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.89 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.76 
 
 		 336 aa  116  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.62 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  26.73 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  27.97 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.01 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.84 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.86 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.93 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.36 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.8 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.96 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.08 
 
 		 330 aa  92.4  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  26.71 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 		 333 aa  88.2  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  30.58 
 
 		 229 aa  86.7  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  25.57 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.71 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.23 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.91 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  26.58 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.59 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.39 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  30.42 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.26 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  30.92 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.09 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.75 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.38 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.04 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  31.02 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.85 
 
 		 333 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  28.97 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.25 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  30.8 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.45 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.69 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  25.28 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.28 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.31 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.14 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.21 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.14 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.14 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.33 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.94 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  30.9 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.32 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.69 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  27.89 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  30.04 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.48 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.17 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  29.89 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.33 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.33 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 231 aa  65.5  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.7 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.3 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.36 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  27.17 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.2 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  34.17 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  30.13 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.72 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  28.49 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  28.49 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.52 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  25.97 
 
 		 663 aa  62.8  0.000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 683 aa  62.4  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  27.22 
 
 		 687 aa  62.4  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  28.16 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  28.48 
 
 		 323 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  26.51 
 
 		 331 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.37 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.64 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  23.44 
 
 		 350 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>