More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3146 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 351 aa  714    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.5 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  31.69 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.5 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  30.32 
 
 		 334 aa  153  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.14 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.97 
 
 		 333 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.53 
 
 		 336 aa  136  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.13 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.33 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.1 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  26.98 
 
 		 349 aa  115  8.999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.12 
 
 		 326 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  30.84 
 
 		 351 aa  113  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.01 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.5 
 
 		 312 aa  109  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  29.77 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.38 
 
 		 327 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.16 
 
 		 323 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  26.97 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  28.7 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.24 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  30.09 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.36 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.53 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.34 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.13 
 
 		 313 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.43 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.37 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.32 
 
 		 324 aa  96.3  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  28.8 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  24.33 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  29.46 
 
 		 342 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.96 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 313 aa  93.2  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.03 
 
 		 313 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.79 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.85 
 
 		 316 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.03 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.4 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  27.22 
 
 		 330 aa  85.9  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  27.95 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  30.42 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.23 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  29.01 
 
 		 348 aa  84  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.19 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  26.9 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  33.73 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.7 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  32.74 
 
 		 1078 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.1 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.78 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  25.08 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.16 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.08 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.54 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.07 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  32.7 
 
 		 1084 aa  79.7  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.26 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  29.57 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  30.66 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.63 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  22.95 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  29.11 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  25.31 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.11 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.36 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  24.63 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  27.35 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  31.05 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  30.69 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  31.05 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  31.05 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  27.16 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.13 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  25.15 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.26 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  31.05 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  31.05 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  28.64 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  31.05 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  31.05 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.51 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  21.74 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.28 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.7 
 
 		 229 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.85 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.07 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3359  hypothetical protein  27.21 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.737744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>