More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1644 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
347 aa  693    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  39.6 
 
 
336 aa  208  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  34.47 
 
 
326 aa  191  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  36.16 
 
 
330 aa  188  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  33.23 
 
 
337 aa  183  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  35.4 
 
 
323 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  35 
 
 
324 aa  180  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
324 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  34.43 
 
 
326 aa  167  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  30.25 
 
 
339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  32.1 
 
 
351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.18 
 
 
334 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.53 
 
 
327 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.2 
 
 
327 aa  153  5e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.5 
 
 
317 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.88 
 
 
327 aa  149  8e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  31.82 
 
 
320 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.07 
 
 
316 aa  142  9e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  31.49 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.88 
 
 
326 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.86 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  32.11 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  31.51 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.11 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  31.46 
 
 
334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.46 
 
 
322 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.23 
 
 
352 aa  125  9e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.01 
 
 
347 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  29.79 
 
 
349 aa  124  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.95 
 
 
336 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  29.41 
 
 
324 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.33 
 
 
351 aa  120  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.33 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  31.41 
 
 
336 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  31.41 
 
 
326 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.66 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.69 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.71 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  31.53 
 
 
229 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.65 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  31.17 
 
 
332 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.16 
 
 
313 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.16 
 
 
313 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.85 
 
 
313 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.19 
 
 
333 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  28.3 
 
 
313 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.88 
 
 
321 aa  105  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  31.12 
 
 
326 aa  103  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.88 
 
 
336 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.37 
 
 
330 aa  102  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  28.43 
 
 
334 aa  99.8  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.96 
 
 
333 aa  99.8  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.39 
 
 
330 aa  99.4  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.94 
 
 
302 aa  99  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.13 
 
 
333 aa  97.8  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
231 aa  97.4  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.43 
 
 
312 aa  97.1  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.92 
 
 
321 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
230 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  28.8 
 
 
321 aa  94  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.19 
 
 
319 aa  92.8  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
314 aa  92.8  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  26.57 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  24.62 
 
 
304 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.31 
 
 
230 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  29.66 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.92 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  31.63 
 
 
351 aa  87.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.82 
 
 
322 aa  86.3  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.34 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  30.06 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  29.49 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.58 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 
315 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.13 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.65 
 
 
232 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.21 
 
 
319 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  33.33 
 
 
351 aa  84  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  31.02 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.76 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.76 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  28.53 
 
 
325 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.27 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.76 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 
232 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 
232 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.66 
 
 
230 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.18 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.95 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  28.76 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.29 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  24.83 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.85 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.76 
 
 
237 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  28.66 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.76 
 
 
237 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.56 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.6 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>