274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3900 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  668    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.69 
 
 		 330 aa  313  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  48.62 
 
 		 326 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  43.43 
 
 		 324 aa  245  6.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.77 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.15 
 
 		 323 aa  241  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  41.43 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  37.54 
 
 		 322 aa  205  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  32.82 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.49 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  29.5 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.96 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  26.3 
 
 		 339 aa  122  7e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.31 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.52 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  26.32 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  26.01 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  29.92 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  24.14 
 
 		 326 aa  98.2  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.09 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.38 
 
 		 351 aa  96.7  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  25.3 
 
 		 330 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.12 
 
 		 352 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.54 
 
 		 336 aa  87.8  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  32.69 
 
 		 334 aa  85.9  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.95 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.83 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  25.17 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.63 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.33 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.48 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.05 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  26.16 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.65 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.91 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.29 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  32.92 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.09 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.56 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.02 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  33.14 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  24.09 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  38.39 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.11 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.63 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.64 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  28.99 
 
 		 229 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 231 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.68 
 
 		 242 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.88 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  43.42 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.89 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  29.11 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.71 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  22.39 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.18 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.46 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.46 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.27 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.69 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.05 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  29.03 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  24.62 
 
 		 663 aa  62.8  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  26.78 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.3 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  27.62 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  28.21 
 
 		 230 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  18.4 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  29.71 
 
 		 687 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5861  hypothetical protein  32.16 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  27.69 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  27.98 
 
 		 663 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  26.61 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  26.61 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  26.61 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.58 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  26.34 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 369 aa  59.3  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  29.03 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.73 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  26.14 
 
 		 325 aa  59.3  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  30.81 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  26 
 
 		 231 aa  59.3  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  24.4 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  23.7 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 		 320 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  25.54 
 
 		 226 aa  57  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  28.25 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>