More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0473 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
334 aa  672    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  77.81 
 
 
334 aa  533  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  67.78 
 
 
330 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  63.91 
 
 
333 aa  455  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  64.22 
 
 
333 aa  457  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.29 
 
 
333 aa  374  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  53.5 
 
 
336 aa  365  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  53.29 
 
 
336 aa  335  9e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.57 
 
 
351 aa  155  7e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.59 
 
 
347 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.64 
 
 
322 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.97 
 
 
326 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.13 
 
 
321 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.21 
 
 
323 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.81 
 
 
321 aa  134  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  32.44 
 
 
342 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.77 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.59 
 
 
339 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  29.94 
 
 
336 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  27.88 
 
 
349 aa  123  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.12 
 
 
327 aa  122  8e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  30.55 
 
 
330 aa  119  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.97 
 
 
336 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.36 
 
 
327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  29.34 
 
 
326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  29.06 
 
 
332 aa  109  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  26.84 
 
 
350 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.96 
 
 
347 aa  107  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.4 
 
 
323 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  28.86 
 
 
351 aa  105  8e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  26.86 
 
 
330 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.85 
 
 
316 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.81 
 
 
334 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  27.25 
 
 
331 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  24.75 
 
 
326 aa  103  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 
334 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  24.68 
 
 
340 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.87 
 
 
317 aa  103  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.42 
 
 
352 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 
324 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 
327 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  24.5 
 
 
337 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.34 
 
 
323 aa  99.8  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  27.08 
 
 
323 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  29.33 
 
 
351 aa  97.1  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.8 
 
 
324 aa  94.4  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  26.09 
 
 
321 aa  92  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  31.58 
 
 
326 aa  90.1  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  25.56 
 
 
326 aa  89.7  7e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.58 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.35 
 
 
321 aa  86.3  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  33.14 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  27.84 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  28.68 
 
 
351 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.87 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.07 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  27.54 
 
 
327 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  22.05 
 
 
314 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  24.3 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.64 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  27.76 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.83 
 
 
322 aa  78.2  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  24.75 
 
 
340 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.41 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  28.25 
 
 
335 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  26.84 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.98 
 
 
318 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  25.94 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  25.66 
 
 
335 aa  76.3  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.06 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  25.38 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  28.26 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  28.1 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  19.22 
 
 
317 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  28.99 
 
 
1078 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2452  hypothetical protein  28.57 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.271591  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.41 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  25.58 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.16 
 
 
324 aa  72.8  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  27.14 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  25.86 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.94 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  28.25 
 
 
1084 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.36 
 
 
242 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.6 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  22.45 
 
 
301 aa  70.1  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  21.17 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  21.17 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  20.72 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  27.73 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  27.38 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  20.72 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  26.61 
 
 
228 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.16 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.73 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0351  hypothetical protein  26.56 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  26.22 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  22.62 
 
 
313 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>