142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3644 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  651    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0351  hypothetical protein  38.89 
 
 		 325 aa  205  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 330 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  35.83 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  22.71 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  32.8 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  29.91 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.51 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 		 347 aa  79.7  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  25.76 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.22 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.93 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  27.81 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.27 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.38 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.37 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  25.15 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.78 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.48 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  31.07 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  27.23 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  27.41 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  28.38 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  32.53 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.77 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  28.38 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  26.86 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.17 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.14 
 
 		 333 aa  62  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  29.19 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  28.68 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.93 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  29.07 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.37 
 
 		 336 aa  59.3  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  30.81 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.15 
 
 		 327 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.69 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  24.02 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  27.04 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  23.38 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  26.32 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  29.96 
 
 		 329 aa  55.5  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1622  hypothetical protein  27.5 
 
 		 153 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2168  transcriptional regulator-like protein  29.37 
 
 		 341 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.229743  hitchhiker  0.000000957386 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  24.4 
 
 		 342 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.93 
 
 		 322 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  27.34 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.51 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.04 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  23.39 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  30.13 
 
 		 330 aa  53.9  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  25.68 
 
 		 347 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  27.83 
 
 		 230 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  27.83 
 
 		 230 aa  52.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  27.83 
 
 		 230 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.48 
 
 		 324 aa  52.8  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.47 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  22.73 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  26.02 
 
 		 349 aa  52  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  29.28 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  22.09 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  23.38 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.43 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.63 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  26.25 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  29.81 
 
 		 322 aa  50.8  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 339 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  28.88 
 
 		 327 aa  50.4  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.48 
 
 		 327 aa  50.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  22.4 
 
 		 313 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.37 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.55 
 
 		 319 aa  49.7  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  27.78 
 
 		 331 aa  49.7  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 		 303 aa  49.3  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.86 
 
 		 324 aa  49.3  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  28.78 
 
 		 333 aa  48.5  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1468  transcriptional regulator-like protein  29.08 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.125958  normal  0.997916 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0269  transcriptional regulator protein-like protein  23.94 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  32.64 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2985  transcriptional regulator protein-like protein  22.78 
 
 		 342 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.256195 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2986  hypothetical protein  25.24 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.178567 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0812  hypothetical protein  27.17 
 
 		 327 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2452  hypothetical protein  23.45 
 
 		 318 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.271591  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  28.71 
 
 		 331 aa  47.8  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.21 
 
 		 229 aa  47.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.67 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  28.14 
 
 		 343 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.15 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.44 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 369 aa  47.4  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  26.51 
 
 		 330 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.02 
 
 		 321 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2466  transcriptional regulator protein-like protein  34.09 
 
 		 331 aa  46.6  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.53 
 
 		 328 aa  47  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>